Об успехе Миссии свидетельствует и тот факт, что вскоре было решено в Синоде учредить в Китае епископскую кафедру. Эта мысль нашла полное одобрение и у российского императора Петра: «То дело зело изрядно, что в Пекине построена русская церковь, и что многие китайцы крестились, и чтоб кафедру там учредить. Только поступайте в том аккуратно, – предупреждал Петр, – дабы китайских начальников не привести в злобу, а также иезуитов, которые там от многих времен гнездо свое имеют». Царские опасения не замедлили подтвердиться. Был избран и рукоположен кандидат, однако увидеть Пекин ему так и не удалось. Представители западного христианства – иезуиты, которые появились в Пекине с середины XVI столетия, постарались затормозить действия китайского правительства в пользу Православия. Этот католический орден, узнав о намерениях Русской Церкви и опасаясь встретить в лице православного епископа опасного соперника, настоятельно советовал китайским министрам не допускать нового русского епископа в Пекин. И китайцы послушались иезуитов. В течение переговоров с русскими не раз поднимался вопрос о прибытии в Пекин православного епископа. Однако, как пишет участник этих событий, «о духовной особе, величаемой в документах “великим господином”, китайцы и слышать не хотели. Министры их говорили, что Богдыхан такую превеликую особу никогда принять не повелит, так как у них “великим господином” зовется их первосвященник… если будет прислан архимандрит или священники, то они приняты будут, а епископ никогда не допустится». Таким образом, вопрос о православном епископе в Китае был закрыт и разрешился лишь в начале XX века, когда начальник Миссии в 1902 году был посвящен во епископы.

К приезду в Пекин второй Миссии была построена церковь при посольском дворе. Ее освятили во имя Сретения Господня, приходящегося на 15 февраля.

При храме был основан и Сретенский монастырь для членов Миссии.

Многие годы Миссия исполняла роль не только духовного, но и дипломатического представительства России на территории Поднебесного царства, и до сих пор нынешнее российское посольство в Пекине расположено на ее территории. Члены Миссии сумели на протяжении столетий сохранить православную веру среди потомков албазинских казаков, смешавшихся с местным населением, а также обратить в Православие более 10 тысяч китайцев. За годы существования Миссии были построены около 100 православных храмов в разных частях Китая. Русские миссионеры в Китае заложили основы отечественного востоковедения, были выполнены переводы на китайский язык Библии, богослужения и святоотеческих трудов. Некоторые из православных священнослужителей наряду со своей миссионерской деятельностью провели глубокие научные исследования китайского общества и культуры. Сами китайцы признают значительную позитивную роль русских миссионеров в культурном развитии Китая. Немало было сделано русскими миссионерами и на поприще дипломатии. Во многом благодаря их трудам Россия и Китай ни разу за это время не воевали между собой. Деятельность Миссии прервалась только в 1954 году по политическим обстоятельствам.