Через некоторое время Петр посетил Александро-Невскую Лавру, где жил Феофан, и, вспомнив о порученном им задании, спросил его: «Скажи-ка, скоро ли поспеет наш патриарх?» Феофан в том же шутливом тоне ответил: «Я уже дошиваю ему рясу!» На это Петр весело добавил: «А у меня и шапка для него готова!» – указав рукой на самого себя. Вскоре Феофан предоставил Петру сочинение – «Духовный регламент», где провозглашалось учреждение Духовной коллегии вместо единоличной власти патриарха. Феофан не стал скрывать причины замены патриаршества Духовной коллегией. Он открыто высказал их в «Духовном регламенте»: «Дабы у простого народа не возникал соблазн видеть в патриархе некое второе лицо в государстве, почти равное первому, а то и превосходящее его…»

Этот документ был представлен Петром на обсуждение в Сенат и только затем предложен вниманию церковного Собора из оказавшихся в Петербурге шести архиереев. Под давлением светской власти они подписали документ и заверили, что все «учинено изрядно». В течение года собирались подписи тех архиереев, которые не участвовали в деяниях Собора, а также настоятелей важнейших монастырей. Нередко при этом государственные чиновники использовали силу для получения требуемого согласия.

После учреждения Духовной коллегии встал вопрос: как совершать молитвенное возглашение нового церковного правительства? Латинское слово «коллегиум» в сочетании со «Святейшим» звучало неблагозвучно, поэтому предлагались разные варианты: «собрание», «собор». Наконец остановились на приемлемом греческом слове «синод» – Святейший Правительствующий Синод.

Чтобы соблюсти каноничность нового духовного правительства, Петр обратился за благословением к Константинопольскому Патриарху Иеремии. Ответ патриарха был следующим: «Мерность наша… утверждает и закрепляет, что учрежденный благочестивейшим самодержцем Петром Алексеевичем

Синод есть и называется нашим во Христе братом…» Аналогичные грамоты были получены и от других восточных патриархов. Таким образом, Синод был признан в качестве постоянного Собора, равного по власти патриархам и потому носящего титул Святейшего.

В результате петровской реформы Церковь полностью утратила независимость от светской власти. Все постановления Синода вплоть до 1917 года выходили под штемпелем: «По указу Его Императорского Величества». В государственных бумагах церковная власть стала именоваться наряду с другими ведомтвами, такими как военным, финансовым, судебным, – «Ведомством Православного Исповедания». Учреждением Святейшего Синода открывается новая эпоха в истории Русской Церкви.