Он истолковал многие книги Священного Писания, и его толкования стали образцовыми для Православной Церкви. Уже когда он был архиепископом Константинополя, его ученик Прокл видел, что во время написания толкований на Послания апостола Павла сам апостол на ухо диктовал ему значение собственных слов.

Император Аркадий, узнав об Иоанне, решил вместе с Собором епископов избрать его на овдовевший престол Константинополя. Когда в Антиохии узнали об этом, то народ не желал отпускать своего пастыря, и посланцам императора пришлось тайно вывозить избранного архиепископа.

После рукоположения (в 398 году) Иоанн усилил свои труды. Он врачевал Словом Божиим недуги душ и богатых, и бедных. Для помощи бедным он создал множество больниц и наладил благотворительность так, что множество несчастных получали от него помощь. Кроме заботы о телах, святитель заботился и о душах своей паствы. Его усилиями было ослаблено влияние арианства среди жителей столицы. Для этого он ввел торжественные крестные ходы с песнопениями, прославляющими Христа, а также собирал народ на ночные богослужения. Святитель Иоанн составил чин Литургии, который является основным в нашей Церкви и совершается почти каждый день.

Но по зависти у святого Иоанна оказалось множество врагов, которых раздражали проповеди святителя. Его обвиняли в гордости из-за того, что он не устраивал пирушек и низлагал недостойных сана священников и даже епископов, получивших свой сан за взятку. Его особенно ненавидел Феофил, патриарх Александрийский, который боялся наказания за свои злодеяния.

При содействии «обиженной» проповедями святителя императрицы Евдоксии патриарх Феофил собрал ложный собор на вилле «Под дубом», близ Халкидона (в 404 году). Иоанн вместе с Собором верных ему епископов (а их было больше, чем на лжесоборе) потребовал удаления из состава суда своих врагов, и тогда он был бы готов подчиниться его решению. Но его противникам это было неугодно. Они осудили Иоанна за неявку на собор и заочно лишили его кафедры.

Император приказал отправить святого в ссылку, но народ поднял восстание, а ночью произошло страшное землетрясение. Тогда император испугался и отменил свое решение, а Иоанн снова занял кафедру.

Но после вторичного столкновения с императрицей, принявшей на свой счет обличительную проповедь архиепископа, Иоанн был сослан в Армению. Когда он узнал об этом решении, то сказал своим сторонникам, плакавшим о его изгнании:

– Не плачьте. Не с Иоанна началась Церковь, не Иоанном она и закончится. Подчинитесь тому епископу, который будет избран на мое место по церковным правилам, а не по приказу правителей.