Было выдвинуто два «экзотических» предположения об источнике аномалии – влияние скрытой массы («темной материи») и неточность закона всемирного тяготения Ньютона. Первое не проходило, потому что необходимое количество невидимого вещества во внутренней части Солнечной системы легко выявлялось бы и в движении планет. Второе невозможно было согласовать с уже имеющимися данными сопровождения марсианских аппаратов «Викинг» с точностью около 12 м по дальности. Радиусы орбит Земли и Марса из-за неньютоновской поправки изменились бы на десятки километров.

Четыре года спустя та же команда исследователей опубликовала обзор с результатами детального изучения проблемы. Команда Андерсона расширила временной диапазон данных по «Пионеру-10» – с 3 января 1987 г. по 22 июля 1998 г. (от 40 до 70,5 а.е.). Немоделируемый сдвиг частоты описывался величиной (5,99 ± 0,01) × 10^–9 Гц/с. Значение аномального ускорения было определено в (8,74 ± 1,33) × 10^–10 м/с², но при желании эффект можно было описать и как ускорение времени в размере (2,92 ± 0,44) × 10^–18 с/с². Последнее было бы, пожалуй, еще интереснее.

К сожалению, из имеющихся данных невозможно было определить, какое из четырех потенциально возможных направлений имеет вектор аномального ускорения. Направлен ли он к Солнцу (и тогда у нас проблемы с пониманием гравитации), к Земле (проблемы с учетом или пониманием времени), вдоль направления движения (сопротивление среды той или иной природы) или вдоль оси вращения (бортовой источник). Все они, за исключением направления движения, были очень близки, а измерить боковую компоненту ускорения было нечем.

В работе 2002 г. были тщательно проанализированы возможные источники систематической ошибки по трем категориям (внешние по отношению к КА, внутренние и математические) и вычислены их возможные величины. Максимальный вклад получился у реактивной силы, связанной с излучением восьмиваттного передатчика через антенну HGA, но он был в восемь раз меньше наблюдаемого эффекта и имел противоположный знак. Учли неопределенности, связанные с отражением тепла РИТЭГов от корпуса и антенны КА, различием в их излучательной способности, утечкой вырабатываемого гелия, неизотропным радиационным охлаждением, неконтролируемой утечкой топлива через клапаны и т. д. Сумма всех неопределенностей составила 1,33 единицы при величине эффекта 8,74 единицы – он оставался статистически значимым.

В последующих исследованиях внимание сосредоточилось на тепловом выходе РИТЭГов. Они генерировали примерно 2600 Вт в начале полета и около 2000 Вт ближе к его концу. Прекрасный источник энергии, если учесть, что направленного излучения мощностью всего 65 Вт хватило бы для создания наблюдаемого ускорения. Неясен был, однако, механизм фокусировки рассеиваемого тепла. В 2003 г. Луис Шеффер показал возможность направленного излучения величиной 52 Вт. Это было намного больше, чем предполагалось в обзоре 2002 г., но все же меньше необходимого. В 2007 г. Виктор Тот предложил учесть наряду с тепловым излучением РИТЭГов тепловое излучение от рассеивания электрической энергии и от радиоизотопных нагревателей и получил сходную оценку.