Недостатки московского водоснабжения требовали периодического его обновления, в итоге Мытищинский самотечный водопровод пережил три реконструкции. Первая проводилась уже через два десятка лет, в 1826–1830 годах, по проекту инженера генерал-майора Николая Ивановича Яниша. Скорейшее начало реконструкции спровоцировал крупнейший обвал подземного трубопровода. В районе села Алексеевского соорудили водокачку (впоследствии Алексеевская насосная станция имени В. В. Ольденборгера), откуда вода шла в бак, что был установлен на втором ярусе Сухаре-вой башни. Из него вода раздавалась по пяти трубам к разборным фонтанам: Шереметевскому (у Сухаревки), Никольскому (на Лубянке), Петровскому (на Театральной площади), Воскресенскому (на Воскресенской площади у входа в Александровский сад) и Варварскому (на Варварской площади). Инженер Яниш потратил на осуществление реконструкции свои личные средства.
В 1830 году опять же по причине плохого качества воды в Москве разразилась очередная эпидемия смертельной болезни, на этот раз холеры. Москвичи умирали как мухи, все попрятались по домам и сидели подобно зайцам в своих норах. Недовольство населения по всей империи привело к многочисленным бунтам, один из которых – в Петербурге – пришлось усмирять лично Николаю I, о чем писал Пушкин, не смогший прорваться к своей невесте Наталье Гончаровой. Москву окружили военными заставами, город оказался в блокаде. Царь даже приехал в Москву, опасаясь волнений и здесь. Но Первопрестольная повела себя лучше, чем в 1771 году, – ни одного врача-немца не убили. Так вопрос чистой воды приобрел политический подтекст.
С каждым годом необходимость постройки нового водопровода становилась все более очевидной, но где взять столько средств? Тем более что казна то и дело затягивала свой и без того тонкий пояс потуже – одна война сменяла другую. И опять вспыхнула эпидемия холеры, на этот раз в 1848 году. «Паника сделалась общей. Выходя из двора, невозможно было обойтись, чтобы не встретить нескольких покойников; по пути и там и сям видны были в домах следы смерти; ежедневно получались сведения о смерти кого-либо из родственников, соседей, знакомых или вообще известных лиц; во всех церквах были совершаемы молебствия, для которых в некоторых случаях жители нескольких приходов соединялись вместе, после чего с иконами были обходимы все дворы… Только на помощь Божию была надежда при существовавшем отчаянном положении, и вот, как помню, массы молящихся стали стекаться в церковь Николая Чудотворца в Хамовниках на поклонение прославленной тогда чудотворениями иконе Божией Матери “Споручницы грешным“. Только в августе болезнь начала стихать и осенью прекратилась совершенно», – сообщает нам современник.