Тут-то и возник священник Сильвестр, образумивший молодого государя, призвавший его к покаянию перед народом. И вскоре самодержавие Ивана несколько потеснилось, уступив место «Избранной раде», куда помимо Сильвестра вошли Адашев, Курбский, Висковатов и другие прогрессивные деятели того времени. С ними вновь обретший вменяемость государь согласовывал важнейшие решения в области внутренней и внешней политики.

Царь не забывал Коломенское, по-прежнему наезжая в село. Частыми были его визиты особенно в теплое время года. Точные границы царского загородного дворца сейчас очертить трудно, но известно, что находился он неподалеку от храма Вознесения. На дошедших до нас миниатюрах Лицевого летописного свода XVI века изображения дворца неизменно присутствуют. Несмотря на их условность и некоторую неконкретность, можно судить, что дворец имел не одну главу, а несколько, причем разной высоты и конфигурации, а также был довольно большим по площади, включая в себя хоромы царицы и царя, разнообразные палаты, а также крытый переход, связывающий здание с храмом Вознесения. О размерах дворца говорит тот факт, что в случае нападения понадобилось бы не менее полутора тысяч человек для его приступа (по оценке опричника Генриха фон Штадена). Вероятно, что сам дворец входил в комплекс зданий различного назначения и величины. Ведь вместе с царем выезжал и его двор, вся челядь. Их надо было где-то разместить на долгое время. В Коломенском Иван IV останавливался, направляясь в походы на Казанское ханство. Всего с 1547 года он возглавил три похода, последний из которых в 1552 году окончился взятием Казани. Летопись того года сообщает: «И восходит на конь свой и шествует, а може Богом наставлен, и поиде Государь к селу своему Коломеньскому те ему кушати. И вкушаечи Государь всех с ним сущих вельми жаловал». Иначе говоря, все кушали в Коломенском, причем досыта.

С первой, внушавшей оптимизм, половиной царствования Ивана Грозного связано и сооружение в Коломенском церкви Усекновения Честныя Главы Иоанна Предтечи на земле близлежавшего села Дьяково, стоявшего в границах царской усадьбы. Точная дата рождения церкви неясна. Бытует предположение, что заложили храм в честь коронации царя в январе 1547 года. Есть и не менее любопытная версия, что возведение храма связано с обетом о ниспослании царю наследника или же с самим фактом рождения сына. Это позволяет датировать храм 1552 либо 1554 годами, когда появились на свет царевичи Дмитрий и Иван. Версия интересная и связывает этот храм с другим – Вознесения, поставленным в честь рождения самого Ивана IV, в этом видится определенная последовательность.