В конце 1919 г. эпидемия тифа принимает большие размеры. Это обстоятельство заставило госпиталь переключиться на обслуживание исключительно тифозных больных. Такие мероприятия оказали большую помощь Красной армии и гражданскому населению в борьбе с сыпнотифозной эпидемией. Только в 1920 г. в госпитале лечилось более 5 тысяч больных сыпным и возвратным тифом. Когда эпидемия тифа закончилась, госпиталь снова вернулся к прежней структуре, развернув все функционировавшие до этого отделения.
Начало советско-финляндской войны знаменуется чрезвычайно быстрым ростом коечного фонда в размерах, далеко превышающих его рост в Первую мировую войну. Были развернуты главным образом хирургические койки, составившие 80 % общего коечного фонда госпиталя. Одно хирургическое отделение отводится под контингент легочных раненых. В хирургические отделения превращаются урологическое, терапевтическое, ушное и частично кожное отделения.
К началу Великой Отечественной войны госпиталь содержался по штату на 1200 коек и имел 22 июня 1941 г. 1294 больных. С объявлением войны госпиталь перешел в режим эвакогоспиталя на 1800 коек, а затем его передислоцировали в Вологду. Более 60 % врачей и около 30 % медицинских сестер были направлены в действующую армию.
После передислокации в Вологду в госпитале развернули следующие отделения: хирургическое для тяжелораненых – 160 коек; хирургическое начсостава – 120 коек; урологическое – 85 коек; для раненных в грудную клетку – 113 коек; нейрохирургическое – 160 коек; для раненных в голову и с повреждением периферической нервной системы – 103 койки; травматологическое для тяжелораненых – 150 коек; глазное хирургическое – 105 коек; ушное – 242 койки; инфекционное – 172 койки.
Всего было развернуто 1540 коек, также развернули два приемных отделения: для соматических больных и для инфекционных больных; клиническая лаборатория (развернулась в четырех точках города); бактериологическая лаборатория; физиотерапевтическое отделение; семь рентгеновских кабинетов.
Передислоцированный госпиталь являлся основным лечебным учреждением 95-го эвакуационного пункта, где оказывалась специализированная медицинская помощь. За время войны в госпитале лечилось более 30 тысяч тяжелораненых и больных, эвакуированных с Ленинградского, Волховского и Карельского фронтов, Балтийского и Северного флотов, из находящегося в блокаде Ленинграда. Из числа раненых и больных, закончивших лечение, 82 % возвращено в строй. За период работы в Вологде провели более 9000 операций.
На территории госпиталя в Ленинграде разместился эвакогоспиталь № 1171, сформированный в числе нескольких медико-санитарных подразделений Красной армии в октябре 1939 г. для участия в советско-финляндской войне. Перемещенный в Ленинград эвакогоспиталь № 1171 вошел в состав Фронтового эвакопункта № 50 (ФЭП-50) и был расширен до 3800 коек. С первых дней в ЭГ 1171 развернули два хирургических, нейрохирургическое и терапевтическое отделения для приема и лечения рядового и сержантского состава и офицерское отделение. Позже создали лабораторное, рентгеновское и физиотерапевтическое отделения. Все отделения возглавили опытные военные врачи или бывшие специалисты кафедр ленинградских высших медицинских учебных заведений, ушедшие добровольцами в Красную армию в начале Великой Отечественной войны. Впоследствии боевыми орденами и медалями награждены начальники медицинских отделении, майоры медицинской службы В.А. Башинская, М.М. Варшавская, Л.Н. Гранат, P.M. Гузовацкер, А.Ф. Еремиевская, Д.С. Лившиц, Н.А. Хейфец, начальник лабораторного отделения – майор медицинской службы Н.Л. Гребельский, начальник рентгеновского отделения – майор медицинской службы Д.С. Линденбратен, старший терапевт – майор медицинской службы Б.А. Житников, многие врачи, ординаторы и медицинские сестры эвакогоспиталя.