Значительные изменения произошли в рентгеновском отделении с введением в 1990 г. компьютерной томографии и ультразвуковых исследований.

В 1992 г. введен в эксплуатацию новый лечебный корпус на 200 коек, в котором разместились отделение гнойной хирургии, проктологическое и пульмонологические отделения. В 2000 г. проктологическое отделение перебазировалось в хирургический корпус, а его место в пульмонологическом корпусе заняло отоларингологическое отделение.

Важным событием в жизни госпиталя стало перемещение 19 октября 1994 г. психиатрических отделений из 3-й городской психиатрической больницы на основную базу – в реконструированный 3-й этаж Новгородского корпуса. Площадь психиатрических отделений составила 1000 кв. м, на ней разместились все необходимые функциональные подразделения, отвечающие современным требованиям.

В последние годы проведена большая работа по реконструкции и капитальному ремонту многих медицинских подразделений, благоустройству медицинских отделений и территории госпиталя, что позволило создать предпосылки к оптимальному совершенствованию организационно-штатной структуры госпиталя.

С самого начала работы госпиталя в историческом аспекте просматривается тенденция специализации медицинских отделений. Однако наиболее заметная структурная перестройка и дальнейшая специализация коечного фонда произошла за последние годы. Так, в целях организации преемственности в лечении больных, внедрения и более эффективного использования современных методов лечения больных были организованы штатные медицинские центры: урологический (с 1998 г.); анестезиологии, реанимации и интенсивной терапии (с 1997 г.); кардиологический (с 1992 г.); гастроэнтерологический (с 1998 г.); психиатрический (с 1998 г.); инфекционный (с 1997 г.), рентгенологический (с 1992 г.).

Кроме того, созданы нештатные пульмонологический, неврологический, травматологический и лабораторный центры.

Создание медицинских центров обеспечивает проведение в жизнь единой идеологии и стратегии лечения больных, применение прогрессивных схем лечения и взаимопонимание между врачами-специалистами.

В 1995 г. в штат госпиталя введено отделение медицинского страхования, предназначенное для организации работы учреждения в системе медицинского страхования, обеспечения оказания платных медицинских услуг застрахованным гражданам и частным лицам.

С 2006 г. емкость госпиталя составляет более 1200 койкомест.

Коллективом госпиталя свято хранятся, оберегаются и приумножаются славные страницы его исторического прошлого. В 2004 г. восстановлен и открыт бюст основателя госпиталя императора Николая I.