Совместная работа продолжалась до 1 декабря 1945 г., когда эвакогоспиталь № 1171 перевели на Садовую ул., 26. С этого времени в госпитале остались развернутыми 2300 коек при 1800 штатных.

В годы войны и блокады хозяйство госпиталя пришло в значительный упадок. Поэтому в первом периоде послевоенной жизни важнейшей задачей являлось создание новой материальной базы, которая сильно пострадала в результате артиллерийских обстрелов и бомбардировок госпиталя. Проведенные уже в первые послевоенные годы хозяйственно-восстановительные работы дали возможность приступить к более или менее нормальной деятельности.

В этот период закладывались основы существующей организационно-штатной структуры госпиталя. Введение в штат госпиталя в 1946 г. должностей ведущего хирурга и ведущего терапевта объединило в одних руках работу четырех терапевтических и трех хирургических отделений, а также позволило выработать единые формы и методы обследования и лечения больных. Одним из первых ведущих терапевтов госпиталя в 1946 г. назначен профессор Военно-медицинской академии генерал-майор медицинской службы В.А. Бейер, который проработал здесь до 1947 г., а первым ведущим хирургом – профессор ГИДУВ Е.А. Бок.

В послевоенный период деятельность госпиталя была направлена на укрепление его материально-технической базы, совершенствование всех видов специализированной медицинской помощи, повышение его роли как методического центра медицинской службы Ленинградского военного округа. Большой вклад в это внесли начальники госпиталя: генерал-майор медицинской службы Б.Н. Ибрагимов (1945–1950), полковники медицинской службы Н.С. Соколов (1950–1961), К.А. Новиков (1961–1969), В.П. Марков (1969–1972), Н.В. Климко (1972–1973), И.К. Барабаш (1973–1978), С.И. Литвинов (1978–1985), Н.Е. Козин (1985–1990), В.П. Жданов (1990–1999).

Общая площадь территории госпиталя в послевоенные годы составляла 18 га, однако в 1953 г. 6 га из его территории передали штабу округа для строительства жилого дома (Суворовский пр., 61). Вне территории госпиталя оказался также и корпус, в котором размещался санитарно-эпидемиологический отряд округа (ныне этот корпус занимает станция переливания крови).

До 1954 г. штатная емкость госпиталя составляла 1000 коек, и загрузка их была более 100 %. В этот период в помещениях госпиталя размещались две клиники Военно-медицинской академии (военно-полевой хирургии и факультетской терапии) и стоматологическая поликлиника округа.

В июле 1955 г. установлен штат госпиталя на 1200 коек, а в 1957 г. госпиталь переведен на штатную емкость – 1500 коек. Окружному госпиталю в это время были переданы помещения расформированного 775-го Ленинградского гарнизонного военного госпиталя, располагавшегося по Обводному каналу в доме № 13-а, в котором были развернуты после передачи кожно-венерологическое и два терапевтических отделения. Филиал госпиталя с Обводного канала переведен в 1966 г. в корпус по Новгородской улице (в порядке обмена зданиями с городом).