Затем власть в Бухаре перешла от Мансура к Караханидам, которые хотели видеть рядом с собой прежде всего послушных им исполнителей их воли, не оставляли им право на свободу решений и действий. В возрасте 22–25 лет Абу-Али пришлось переехать из Бухары в Гургандж – столицу Хорезма, где он был принят на службу хорезмшахом Али Ибн Мамуном. Прихвативший вскоре высшую власть в регионе Махмуд Газневид потребовал к своему двору прославленного врача – Абу-Али, который больше всего на свете дорожил своей независимостью, не мог выполнять роль только профессионально грамотного раба, поэтому ему пришлось сбежать из Гурганджа. В возрасте 28–43 лет (16 лет) он был вынужден скитаться по Хорасану и Табаристану. При этом везде и всегда, в любых условиях он занимался научными делами, осваивал новое, оставлял в письменном виде результаты своих работ. Рядом с ним с тех пор (и до конца его жизни) всегда был его верный ученик аль-Джузджани, который записывал под диктовку учителя создаваемые им трактаты. Правители разных восточных государств хотели иметь Абу-Али рядом с собой как помощника, советника, врача. Он в роли визиря, министра давал смелые советы, в том числе в военных и налоговых делах, нажил себе массу врагов, по их проискам как-то четыре месяца провел в заключении, но даже радовался этому, потому что за это время в тюремной тиши успел написать три научных труда. Но последние 13 лет его жизни, в возрасте 44–57 лет, он довольно спокойно жил и работал в Исфахане, при дворе эмира Аля ад-Даулы, который предоставил ему полную творческую свободу, обеспечил комфортабельный быт, позволил окружить ученого его учениками и последователями, оказывал ему большое уважением и почтение. Неудачи в военных делах Аля ад-Даулы не отдалили Ибн Сину от него, он не оставил неудачливого в тот момент правителя-полководца. Обострились болезни, он понял, что вылечить их он не может, умер в возрасте 57 лет. По сути, вся его жизнь состояла из четырех периодов: до 16 лет – освоение грамоты и знаний, 16–28 лет (12 лет) – достижение профессионального успеха и славы, 28–44 года (16 лет) – при скитальческой жизни научные дела, 44–57 лет (13 лет) – относительно комфортная творческая научная деятельность.

В Бухаре (в XII в.), в Бухарском медресе, учился, затем стал в нем духовным наставником-шейхом один из первых представителей тюркоязычной суфийской поэзии, шейх Ахмед Ясеви (умер в 1169 г.). Он при жизни стал почитаться святым, веря в его святость, со всех концов Средней Азии к нему ездили на поклонение, впоследствии его могила стала местом паломничества. А. Ясеви родился в г. Яссы (теперешняя железнодорожная станция Туркестана) в семье священнослужителя шейха Ибрахима. Со временем он вернулся на свою малую родину, выступал с проповедями, о нем говорили: «В Медине Мухаммед, в Туркестане же Ходжа Ахмет». А в 1980–1982 гг. в Бухаре в медресе Мир Араб (XVI в.) учился Ахмат Кадыров-старший (1951–2004), лидер Чечни и первый президент Чеченской республики.