В начале XVI в. Бухара вошла в состав феодального узбекского государства ханов Шейбанидов, его столицами были Самарканд, затем, с конца XVI в., – Бухара, после чего это государство стало называться Бухарское ханство. Со второй половины XVIII в. в Бухаре правила династия узбекских ханов Мангыт (была у власти в 1753–1920 гг.), которые стали именовать себя амирами, или эмирами (арабск. «предводитель», «повелитель»), а свое государство – Бухарский амират во главе с амиром (или эмират во главе с эмиром).
Исходя из экономических и геополитических интересов Российской империи (см. 1.2), русский император Александр II в 1868 г. объявил войну бухарскому амиру Музаффар-хану (1860–1885). Поражение бухарского амира привело к установлению протектората России над Бухарским амиратом. Но Россия помогла восстановить власть бухарского амира над областями Шахрисабза, Китаба, Хисара, Куляба. При амире Абдуллахаде (1885–1910) царские войска заняли афгано-бухарскую границу, Бухара вошла в российскую таможенную черту. Правление последнего амира (1910–1920) Алим-хана (1880–1944) совпало с Первой мировой войной и переворотом в России в 1917 г.
Бухарские амиры занимали почетное место в российской иерархии. По российскому придворному этикету амиры Бухары, как коронованные особы, имели титул «светлости» и стояли выше великих князей Романовых (братьев, детей, внуков русских императоров). Последний амир Бухары Алим-хан в юности (в 1893–1896 гг.) обучался в Санкт-Петербурге по программе, утвержденной императором Александром III. В 30 лет занял трон амира Бухары.
Он владел дачами-дворцами на исконно русских территориях – в Крыму, Кисловодске, Железноводске и домами в Санкт-Петербурге. Бухарские амиры постоянно приглашали российских императоров приехать в Бухару. В 1895–1903 гг. в поселении Новая Бухара (с 1935 г. – г. Каган) по инициативе амира Абдуллахада выстроили дворец, где готовились принять императора Николая II.
После того как Бухарский амират признал свою зависимость от Российской империи (указы 1868 и 1873 гг.), эмират стал вассалом России, увеличился поток русских промышленников, разных предпринимателей, торговцев в Бухару, они предпочитали селиться в ее предместье – Новой Бухаре, основанном в 1888 г. при железнодорожной станции на Среднеазиатской железной дороге. Установление протектората России принесло новые европейские черты в возведенные в тот период строения. В XIX – начале ХХ в. Бухара существенно умалила свой авторитет как интеллектуального очага, фактически потеряла значение центра светской феодальной культуры, но сильно повысила свой статус как мощного религиозного центра, хранителя мусульманских традиций, активного распространения идей ислама. Город называли «Купол ислама», «Сила ислама», «священная Бухара», оценивали ее как один из оплотов силы мусульманской веры. В Бухаре и ее окрестностях действовали около 360 мечетей, медресе, находились многочисленные почитаемые мусульманами места – мазары, некоторые из них сохранились до наших дней.