Впрочем, политика папства далеко не везде приводила к желаемым результатам, а порой встречала и открытое противодействие. Главным противником притязаний римской курии в Италии оказалась Венецианская республика. В 1606 г. Сенат Венеции издал указ об изгнании членов ордена Иисуса из ее владений – всякие контакты с иезуитами граждан и всех жителей были запрещены. В ответ папа Павел V наложил интердикт на Венецианскую республику. Это была последняя в истории попытка интердикта главы католической церкви по отношению к целому государству. Конфликт длился более года, однако и после возвращения Венеции права на богослужение республика долго не шла на уступки в вопросе об ордене Иисуса. Иезуитам было разрешено вернуться в Венецию лишь в 1657 г., да и то в обмен на обещанную Римом экономическую помощь.

Венецианская республика проводила антипапскую политику и в другой важной для Рима сфере его интересов – она ограничивала права церкви на приобретение нового недвижимого имущества. Власти Венеции многократно подчеркивали, что полномочия духовенства могут распространяться лишь на вопросы вероисповедания, но не на светскую политику республики. Когда в 1623 г. инквизиция намеревалась запретить очередное издание «Истории Венеции» Андреа Морозини, в которой содержались антиклерикальные идеи, Сенат воспротивился запрету, заявив, что инквизитор должен подвергать цензуре лишь произведения религиозной тематики, а в своем государстве венецианское правительство «само может решать, что печатать, а что нет». На протяжении всего XVII в. Венецианская республика оставалась единственным итальянским государством, которое решительно сопротивлялось стремлению римской курии вмешиваться в ее дела и проводило самостоятельную политику.

В конфликте начала века между Римом и Венецией правительство последней активно поддержал Паоло Сарпи (1552–1623) – историк и правовед, философ и теолог, монах, приглашенный на должность главного юридического советника республики по теологическим вопросам. Сарпи проявлял живой интерес к естественным наукам и приобрел широкую славу упорной борьбой с идеологией Контрреформации. Он открыто критиковал римскую курию в годы конфликта папы Павла V с Венецией, обличал политику иезуитов, аргументированно защищал интересы Венецианской республики. Сарпи были предоставлены государственные архивы, чтобы он мог документально обосновать права республики на решение церковных дел.

Плодом научных изысканий, которые проводила возглавляемая Сарпи комиссия ученых, стали труды «Рассуждения о наказаниях, наложенных Павлом V на республику Венеция», «Трактат об интердикте Павла V» и ряд других работ. Основные положения этих сочинений Сарпи развивал и в собственных трудах, досконально обосновывая историческую неправомерность притязаний папства на вмешательство в светские дела Венецианской республики. Произведения Сарпи «Суждения о состоянии религии и тех способах, благодаря которым она утвердилась в странах Запада», «Рассуждения о происхождении, форме, законах и практике инквизиционной службы в городе Венеции», «История столкновений, произошедших с Верховным понтификом Павлом V и Светлейшей республикой Венецией в 1605, 1606 и 1607 годах» получили резко отрицательную оценку со стороны римской курии. В 1606–1607 гг. были изданы папские декреты о сожжении сочинений Сарпи и его отлучении от церкви. Основанием для столь сурового вердикта послужили прежде всего резко антиклерикальная позиция Сарпи, его смелое вольномыслие в делах церковной политики и вызвавшая особое раздражение в Риме безупречная аргументация, почерпнутая из исторических документов.