Гален вновь демонстрирует стремление к конструированию универсальной системы, обращаясь к сущности функциональных нарушений (фрагмент 3). Функции человеческого тела в нормальном его состоянии подразделяются на душевные и природные. Мы помним об основополагающем значении учения Платона о трехчастном строении человеческой души для натурфилософской системы Галена. Эта доктрина экстраполируется на клиническую логику великого врача. Душевные функции, по его мнению, делятся на чувственные, движущие и руководящие. Чувственная функция души проявляется через пять видов чувств — зрение, обоняние, вкус, слух и осязание. Когда Гален замечает, что двигательная функция имеет «один непрерывный орган и один способ его движения… но проявляется многообразно в различных частях [тела]» (фрагмент 3), он имеет в виду непосредственно работу мышц, благодаря которой осуществляются любые передвижения человеческого тела (или его частей) в пространстве. Руководящее начало проявляется через воображение, память и способность мыслить. Каждую из этих функций Гален иллюстрирует конкретными примерами: так, нарушениями функции зрения со всей очевидностью являются его ослабление, искажение зрительного восприятия и слепота. Очень важным замечанием мы считаем указание Галена на тот факт, что чувство боли при расстройстве чувственной функции «появляется не только благодаря воздействию внешнего источника, но гораздо чаще — из-за состояния самого организма» (фрагмент 3). Состояния бессонницы и комы Гален выделяет как два особых симптома, считая их общими для всех органов чувств, т. е. состояниями, поражающими сразу все органы чувств. В качестве примера нарушения двигательной функции он приводит случаи дрожи, дискинезии (понимается как ограниченное, ослабленное или неправильное движение) и т. п.

Особое внимание Гален уделяет расстройствам функции, посредством которой реализуется деятельность высшей части души. Прежде всего, речь идет о разного рода повреждениях сознания — от слабоумия до острых психических расстройств, которые он именует помешательством. Эти рассуждения иллюстрируются ярким примером болезни врача Феофила, которому в состоянии бреда мерещился оркестр свирельщиков, постоянно находившийся в его комнате и мешавший ему отдыхать (фрагмент 3).

Далее Гален переходит к описанию физических функций, которые иллюстрирует несколькими примерами нарушения процессов переваривания пищи (фрагмент 4). Вообще, физические способности человека реализуются в каждой части тела четырьмя способами — привлечением, удержанием, отделением и выделением. Соответственно, симптомы их нарушений могут принимать формы ухудшения реализации природной функции или полной ее утраты.