Представители корпуса обратились к советскому правительству с просьбой разрешить его частям выезд во Францию через Владивосток для участия в боевых действиях на стороне Антанты. 26 марта 1918 г. такое разрешение на определенных условиях было получено. К концу мая эшелоны корпуса растянулись по Сибирской магистрали от Пензы до Владивостока. По пути следования эшелоны подвергались контрольным осмотрам, в ходе которых было установлено, что чехословацкие военнослужащие сдали не все оружие. В связи с этим задерживалось передвижение эшелонов, накалялась обстановка. В правительственных кругах Антанты разрабатывались планы использования корпуса в антисоветских целях.

Тяжелый конфликт произошел 14-17 мая 1918 г. на станции Челябинск. Чехословаки задержали эшелон, следовавший на запад, вывели на пути, подвергли побоям находившихся там военнопленных австро-венгерской армии. Девять человек было ранено, один убит. Попытка задержать участников убийства, расследовать конфликт привели к тому, что чехословаки оцепили центр Челябинска, захватили арсенал и помещение военного комиссариата, разоружили красноармейцев, повредили телефонную сеть. Только на следующий день легионеры были выведены из города, но продолжали удерживать станцию.

На состоявшемся 20 мая съезде делегатов корпуса в Челябинске было решено не подчиняться распоряжениям о сдаче оружия. Командование частями корпуса было поручено военному совету в составе подполковника С.Н.Войцеховского, капитана Р.Гайды, поручика С.Чечека. Корпус к этому времени располагался в 63 эшелонах и насчитывал свыше 40 тыс. человек[394]. Давно готовившееся вооруженное выступление чехословацких легионеров произошло в различных пунктах Сибирской железнодорожной магистрали. 25 мая 1918 г. чехословаки захватили Мариинск, 26 мая - Челябинск и Новониколаевск, 28 мая - Пензу и Канск. 30 мая - Томск и ст. Тайга. Легионеры брали под свой контроль железнодорожные пути, телеграф, станции, вступали в вооруженные столкновения с красноармейцами и красногвардейцами. Выступление корпуса против советской власти послужило сигналом для усиления антибольшевистского движения различных социальных слоев населения. На Урале антисоветские выступления имели место в Невьянске, Нижнем Тагиле, на Верх-Исетском заводе, в городе Перми, в Шадринском уезде, в сельских районах Уфимской губернии и в других местах.

К середине июня 1918 г. Отдельный Чехословацкий корпус включал четыре группы частей: Поволжскую, Челябинскую, Сибирскую и Владивостокскую. Челябинскую группу возглавлял подполковник С.Н.Войцеховский. В ее состав входили 2-й и 3-й полки, два батальона 6-го полка, запасной полк, ударная рота, батарея и два бронепоезда. Их общая численность составляла 8 тыс. человек[395]. 10 июня Челябинская группа соединилась с Сибирской в районе Кургана. Используя железнодорожную сеть, Челябинская группа действовала и в других направлениях. На запад - в сторону Миасса и Златоуста, на юг - в сторону Троицка, на север - в сторону Кыштыма и Екатеринбурга. Что касается непосредственного соединения Поволжской и Челябинской групп, то оно произошло лишь 8 июля 1918 г. на станции Миньяр, после длительных боев с красноармейскими отрядами. Если на первых порах командование корпуса маскировало свои действия стремлением добиться скорейшей отправки за границу, влиянием инстинкта самосохранения, то в последующем оно открыто поддерживало противников Советской власти[396].