Опасность на востоке страны потребовала от Советского правительства принятия неотложных мер военного характера. 31 мая 1918 г. главнокомандующим Чехословацким фронтом был назначен А.Ф.Мясников[397]. 13 июня для руководства боевыми действиями против чехословаков и внутренней контрреволюции был утвержден Реввоенсовет в составе П.А.Кобозева, М.А.Муравьева, Г.И.Благонравова[398]. 12 июля 1918 г., после подавления антисоветского выступления М.А.Муравьева, СНК РСФСР объявил новый состав Реввоенсовета фронта, в который вошли И.И.Вацетис (командующий), П. А.Кобозев, К.Х.Данишевский, К.А.Мехоношин. Разрозненные рабочие дружины и красноармейские части летом 1918 г. были сведены в 1, 2. 3, 4 и 5-ю армии. Непосредственно на Урале вели боевые действия 2-я и 3-я армии Восточного фронта. 2-я Армия (командарм В.В.Яковлев, с 26 июня - Ф Е.Махин, с 18 июля - К.Н.Блохин, с 3 сентября - И.Ф. Максимов, с 28 сентября - В.И.Шорин) была сформирована из отрядов и красноармейских частей Уфимского и Оренбургского районов, 3-я Армия (командующий Р.И.Берзин) - из отрядов и частей, действовавших в районах Екатеринбурга, Перми, Глазова и Вятки. Первоначально отряды, составившие основу 3-й Армии, были объединены 14 июля 1918 г. в Северо-Урало-Сибирский фронт, затем 20 июля фронт был переименован в армию.

Первые вооруженные столкновения с частями Отдельного Чехословацкого корпуса и белоповстанцами добровольческие отряды и красноармейские части имели в районе Златоуста. Сюда 30 мая 1918 г. прибыл председатель Высшей военной инспекции Красной Армии профессиональный революционер Н И.Подвойский. Ознакомившись с положением дел, Н И.Подвойский не обнаружил какого-либо плана по разоружению чехословаков и подавлению антисоветских выступлений[399]. В тот же день был проведен смотр красноармейских отрядов, насчитывающих свыше 700 человек[400]. Н.И.Подвойский отдал также приказ о разоружении эшелонов, подчеркнув, что, подняв мятеж, чехословацкие легионеры поставили себя в ряды «величайших врагов Республики»[401].

Предпринятое по инициативе председателя Высшей военной инспекции 1 июня 1918 г. наступление успеха, однако, не имело. Оно было слабо подготовлено, отряды не имели тесной связи и взаимодействия. Член Высшей военной инспекции С.М.Белицкий позднее отмечал: «Каждый боец в отдельности был прекрасным. Многие из них горели желанием умереть за Советскую власть, но не знали, как это сделать, и поэтому поддавались панике толпы»[402]. В середине июня 1918 г. развернулись бои в районе Троицка. В течение пяти дней, с 13 по 18 июня, здесь мужественное сопротивление врагу оказывали красноармейцы 17-го Уральского стрелкового полка, кавалеристы 1-го Оренбургского полка, несколько отрядов под командованием Н.Д.Томина. Однако и здесь успех был на стороне противника.