Бюргерство стремительно богатеет, и его желание обладать правами самоуправления в Кельне приводит к частым стычкам с духовенством. В 1288 г. в битве при Воррингене кельнцы под руководством герцога Брабантского одержали победу над войсками архиепископа, и Кельн стал независимым городом, оставаясь при этом центром архиепископства.

В 1367 г. на заседании представителей немецких и голландских городов в Кельне принимается решение об образовании союза против Дании, препятствующей торговле на Балтике. Со временем этот союз превратился в Ганзу, крупнейшее объединение купцов средневековой Европы. В 1388 г. основывается Кельнский университет, а власть в городе переходит к ремесленным гильдиям. Император признает власть гильдий, и в 1475 г. присваивает Кельну статус вольного имперского города.

16 в. оказался для Кельна богатым на исторические события. Церковь присвоила городу статус святого, который до этого носили лишь Рим и Константинополь. Здесь было открыто представительство папского престола, а также главный центр иезуитов в Германии. Однако падение Ганзы привело к резкому обнищанию Кельна, и строительство огромного собора, так и не законченное к этому времени, было заморожено вплоть до середины 19 в.

В Тридцатилетнюю войну город сохранял нейтралитет, поэтому практически не пострадал. В это время на архиепископском престоле утвердилась династия Виттельсбахов, правившая в Баварии и Пфальце. Архиепископы из этой династии любили роскошь, и под Кельном было отстроено несколько великолепных загородных дворцов.

В 1794 г. французская армия подошла к Кельну, и чтобы избежать разрушения города, кельнский бургомистр отдал французам ключи от города. Кельн вплоть до 1814 г. становится провинциальным городом Франции. В 1804 г. его посещает Наполеон, который был восторженно встречен горожанами. После разгрома Наполеона Кельн занимают прусские войска, и по решению Венского конгресса город отходит к Пруссии. Начинается индустриальная эпоха, а в 1842 г. возобновляется строительство Кельнского собора.

Величественное здание Кельнского собора, строившееся с перерывами на протяжении более 600 лет, является выдающимся памятником немецкой готики. Он поражает своими громадными размерами, яркой устремленностью ввысь всех его элементов – от высоких башен до фиалов и вимпергов, своим мрачным видом из-за песчаника, который темнеет со временем и своим декором, плетущим на его стенах поразительное каменное кружево, не оставляющее свободной поверхности стен. И хотя родиной готического искусства является Франция, здесь зерно попало в благодатную почву, и ученик превзошел учителя, немецким мастерам удалось воплотить идею и создать памятник всему средневековью.