В 12 в. на левом берегу был основан университет Сорбонна, а правый берег занимал торговый посад. На Сите располагался королевский дворец и городской собор Нотр-Дам. При Филиппе Августе город был окружен крепостной стеной, а на правом берегу была построена крепость Лувр для обороны его северных рубежей и крепость Бастилия для обороны Парижа с востока. В 1200 г. университет получил хартию вольности от папы и в Париже образовался Латинский квартал со своим самоуправлением, в то время как на правобережье был создан городской совет, который под руководством мэра управлял этой частью города.

Во время Столетней войны, в 1356 г., вспыхнуло восстание парижан под руководством купеческого старшины Этьена Марселя против королевской власти, которая не могла совладать с силами англичан, однако будущему королю Карлу V удалось разбить мятежников, Марсель был убит, а король перенес свою резиденцию с острова Сите в более укрепленный Лувр, с тех пор на долгие века ставший королевским дворцом.

В 1419 г. англичане захватывают Париж и удерживают его до 1436 г., когда Карлу VII удалось вернуть город, который с тех пор стал расти и перестраиваться. Эпоха Ренессанса вносит свой вклад в украшение Парижа. При Франциске I Лувр перестраивается из средневековой крепости в ренессансный дворец. Для жены Генриха II, Екатерины Медичи, по соседству с Лувром строится дворец Тюильри, который соединяется с Лувром длинным крылом, превращая комплекс в крупнейший в то время королевский дворец в Европе.

Религиозные войны наложили свой отпечаток на город. В 1572 г., во время Варфоломеевской ночи, в Париже произошла страшная резня гугенотов, унесшая тысячи жизней. В 1588 г. город был захвачен Католической Лигой, возглавляемой герцогами Лотарингскими, король Генрих III вынужден был бежать из Парижа. Королевская власть вернулась сюда лишь в 1594 г., когда Генрих IV после успешной осады занял город. При Генрихе IV прокладываются новые улицы и бульвары, а место средневековых домов занимают богатые купеческие и аристократические особняки, «отели», множество которых сосредотачивается на правобережье, в квартале Маре, находящемся на месте осушенного болота.

При Людовике XIV в Париже появляются постройки в классическом стиле, Дом Инвалидов и колоннада Лувра. Прокладываются Елисейские Поля и формируется ансамбль расходящихся проспектов вокруг современной площади Согласия. Однако самую крупную перестройку города, придавшую ему современный вид, совершил по приказу Наполеона III в 1852 г. префект Парижа барон Оссман, который проложил на левобережье широкие бульвары, застроенные неоклассическими особняками с мансардами.