Как и в конце династии Капетингов, король умер, оставив трех сыновей. Старший из них, Франциск II, болезненный юноша, вступил на престол, находясь под влиянием могущественных герцогов Лотарингских, де Гизов, владения которых лежали на границе Священной римской империи. Франциск II был женат на Марии Стюарт, будущей шотландской королеве, которая приходилась герцогам Лотарингским племянницей. Формально регентшей была мать Франциска II, жена Генриха II Екатерина Медичи, однако реально власть ей пока не принадлежала. Но когда Франциск умер бездетным, а на престол вступил его малолетний брат Карл IX, Екатерине удалось укрепить свою власть и оттеснить Лотарингцев, которые, тем не менее, имели все еще сильные позиции при дворе.

При Карле IX наступил разгар религиозных войн. Страна разделилась на два лагеря, католиков во главе с Гизами и протестантов, возглавляемых адмиралом Колиньи и принцами Бурбонскими, которые вели свою родословную от младшего сына Людовика Святого и были ближайшими родственниками короля. Страна была расколота надвое, и Екатерина Медичи предпринимала все усилия, чтобы королевская власть не пала. В 1572 г. было решено заключить перемирие и в знак этого женить нового предводителя гугенотов, молодого Генриха Бурбона, короля Наварры, на дочери Екатерины Маргарите. В честь этого события в Париж съехались предводители гугенотов со всей Франции. Однако после свадьбы, в ночь накануне дня св. Варфоломея, 23 августа, по приказу короля началась страшная резня, когда католики убивали гугенотов. Генриху Наваррскому удалось спастись, однако многие гугеноты были убиты.

Это событие вызвало еще большее ожесточение в войне. И хотя вскоре Карла IX сменил на престоле его брат Генрих III, войны продолжались. Ожесточение достигло крайнего накала, Лотарингцы приобрели огромную власть, сколотив Католическую Лигу, и король стал подумывать о союзе с Генрихом Наваррским. Чтобы ослабить позиции Лиги, в 1589 г. Генрих III приказал убить герцога Лотарингского и его брата кардинала Лотарингского в Лувре. Это вызвало взрыв негодования католиков, и фанатичный монах Жак Клеман заколол короля. Династия Валуа, как и династия Капетингов, прервалась. Проклятие Жака де Моле настигло очередную жертву.

Единственным претендентом на престол оказался Генрих Наваррский. Ему удалось сломить сопротивление Католической Лиги. Чтобы стать королем, ему пришлось отступить от кальвинистской веры, и в 1594 г. он был коронован в Реймсе. Ему принадлежит знаменитое изречение «Париж стоит мессы». Он обнародовал Нантский эдикт, предоставивший гугенотам значительные права и фактически завершивший религиозные войны.