Внутренняя экономическая политика Московского государства была нацелена на получение дохода с целью финансирования военных действий и государственного аппарата, обеспечения выплат элитам и так далее. Великие князья довольно рано стали предпринимать усилия по насыщению экономики деньгами, чеканя монету и переходя к взиманию налогов в денежной форме. Собственная монета появилась у многих княжеств и городов в 1360–1370-х годах; после покорения Новгорода (1478), Твери (1485) и Пскова (1510) чеканка сосредоточилась в Москве. Денежная реформа 1534–1535 годов вводила новую стандартизированную монетную систему, вобравшую черты двух предыдущих – московской и новгородской; кроме того, были унифицированы меры и веса. Однако монета чеканилась в ограниченных количествах – собственные залежи серебра были открыты лишь в середине XVIII века. До этого серебряную монету получали, перечеканивая европейские талеры. Эксперименты по выпуску дешевых медных денег в 1660-е годы привели к массовым бунтам и вскоре были свернуты.

Если XVII век характеризовался, можно сказать, «модернизацией» российской экономики по европейскому образцу, то к XVI веку часто применяют такое понятие, как «централизация». В то время московские великие князья приступили к более систематическому, чем ранее, утверждению своей власти. Это включало, как мы видели, создание бюрократического аппарата и увеличение фонда земельных пожалований для дворян, служивших в войске. Основные централизаторские усилия были направлены на экономику. Уже в начале столетия многочисленные прямые налоги были сведены лишь к нескольким, появились и новые, предназначенные для финансирования новых воинских подразделений, расширения почтовой службы и строительства городских укреплений. Государство (и землевладельцы) старались по максимуму переводить налоги в денежную форму; к середине века была введена новая универсальная единица прямого земельного налогообложения – «московская соха», размеры которой колебались в зависимости от качества земли. Ставки налогов для дворян были более низкими, чем для монастырей. Вводились и непрямые налоги – так, например, еще в середине XV века была установлена государственная монополия на производство и продажу меда, пива и водки.

На протяжении XVI века центральное место в налоговой политике занимал вопрос освобождения от государственных налогов, вызывавший жаркие споры. Принимались усилия для того, чтобы уменьшить число пользовавшихся этим правом: в 1551 году многие лишились его, что позволило пополнить казну, а в 1572 и 1580 годах были ограничены земельные пожалования владельцам, обладавшим налоговым иммунитетом, – например, монастырям: целью являлось сохранение земельного фонда для последующих раздач дворянам (не только для поддержания боеспособности войска – крестьяне, жившие на этих землях, платили налоги). Но политика государства в этом отношении была непоследовательной. Были периоды, когда с налоговым иммунитетом шла борьба, были и такие (1530–1540-е, 1560–1570-е, 1590-е годы), когда монархи щедро раздавало льготы для вознаграждения фаворитов, обеспечения поддержки во время войны, поощрения торговли и заселения новых земель (пример – монополии и налоговые льготы, дарованные Строгановым на Урале). Льготы и земли, жаловавшиеся фаворитам, отрицательно сказывались на доходах государства в течение XVII века.