Государство также стремилось упорядочить таможенные пошлины и налоги по всей стране, но с переменным успехом. Так, например, города при сборе провозных платежей и налогов с продаж обычно делали поблажки своим купцам; власти боролись против этого с конца XVI века, и в 1653 году такая практика была официально прекращена. Государство также объединяло различные таможенные пошлины, чтобы облегчить погрузку товаров в важнейших портах и увеличить свой доход. И все же в эти столетия по всей империи существовало множество различных налогов и провозных платежей, взимавшихся на границах регионов.

Если говорить о прямых налогах, то в XVII столетии к поземельному налогу прибавились и другие. В 1620-е годы, после Смутного времени, Романовы объявили о введении чрезвычайных сборов с целью профинансировать военную реформу и восстановление страны; позднее сборы стали ежегодными ввиду расходов на войны – Смоленскую (1632–1634) и Тринадцатилетнюю (1654–1667). Чрезвычайные сборы взимались еще в 1670-е годы, но уже к середине столетия государство начало пытаться проводить более последовательную финансовую политику. Уложение 1649 года заметно усовершенствовало прямое налогообложение, прикрепив сельское и городское население к местам его обитания и тем самым завершив процесс закрепощения. Кроме того, помещики лишались налоговых льгот, которыми пользовалась их собственность в городах, что, в принципе, давало жителям последних монополию на городскую торговлю. Но это мероприятие оказалось трудно провести в жизнь, и льготы продолжали действовать на протяжении существенной части XVIII века. Государство также попыталось присвоить себе налоговые поступления от церковных крестьян, учредив, в частности, для этого Монастырский приказ, но после протестов со стороны церковников отказалось от такого шага (1677).

Конец 1670-х и 1680-е годы были ознаменованы энергичной реформаторской деятельностью: были предприняты усилия для формирования единого государственного бюджета, а в 1677 году единицей прямого налогообложения стало домохозяйство – в данном случае власти опирались на новые земельные кадастры. Государство также стремилось устанавливать ставки с учетом платежеспособности горожан и крестьян. Разумеется, Россия еще не пришла к сложным методам учета и последовательной финансовой политике, в отличие от более развитых и меньших по размеру государств, таких как Англия: Джон Брюер называет все это «мускулатурой власти» (применительно к Англии XVIII века), а Чарльз Тилли считает важнейшим элементом государственного строительства в раннее Новое время. Однако в последние десятилетия XVII века российские власти сознательно осуществляли реформы с целью усилить контроль над национальной экономикой.