Со знаменами и пушками взбунтовавшиеся полки двинулись по Московской дороге; тех стрельцов, которые не хотели нарушать приказ, повели с собой насильно, под караулом.
Бояре приговорили: против мятежников идти из Москвы с войском Алексею Семеновичу Шеину.
Между тем 17 июня стало известно, что стрелецкие полки с «нарядом» уже подошли к Волоку Дамскому, что в 90 верстах от столицы, и было их более 2 тыс.
Быстрыми маршами воевода повел свое войско по Волоколамской дороге. Встреча произошла 18 июня в 46 верстах от Москвы, около Воскресенского монастыря (Новый Иерусалим). На одном берегу реки Истры раскинулся стрелецкий лагерь, окруженный телегами, к другому берегу подступили солдатские полки, выкатили вперед 25 пушек. В исходе сражения воевода не сомневался. В его распоряжении были отборные, закаленные в сражениях полки, полное превосходство в артиллерии. Но все-таки Шеин попробовал уладить дело миром. К стрельцам для переговоров выезжали генерал Гордон, князь Кольцов-Масальский…
Тщетно!
Стрельцы уже строились в боевые порядки, выкатывали вперед пушки, явно готовясь к сражению…
Тогда Алексей Семенович Шеин приказал канонирам открыть огонь…
Потребовалось всего четыре пушечных залпа, чтобы стрельцы в беспорядке побежали. Следом пустилась дворянская конница. Беглецов ловили и сгоняли в лагерь.
Боярин Шеин сам проводил розыск зачинщиков. По словам современника, он «разбирал и смотрел у них, кто воры, и кто добрые люди и которые в Москве бунт заводили; и после того были розыски великие и пытки им, стрельцам, жестокие и по тем розыскам многие казнены и повешены по дороге; остальных разослали в тюрьмы и монастыри под стражу».
Казалось, боярин сделал все возможное: разгромил мятежников и наказал зачинщиков, недаром уцелевшие стрельцы шептались «по шинкам», что боярина Шеина надо поднять «на копья»…
Но срочно возвратившийся из-за границы царь проявил недовольство. Современник писал, что Шеин «находится в величайшем страхе, так как состоит у его царского величества в подозрении, потому что он слишком быстро подверг смертной казни мятежных стрельцов и тем устранил возможность дальнейшего допроса».
Карьера боярина Шеина была подорвана, хотя формально он и оставался главой Разрядного, Пушкарского, Иноземного и Рейтарского приказов. В «боярском списке» его фамилия числилась среди бояр, которым «велено жить в деревне до указу». В марте 1699 г. он, правда, был вызван для похода в Воронеж. Однако, когда в Турцию отправился посол думный дьяк Е.И. Украинцев, воевода оказался не у дел. Командовал экспедицией генерал-адмирал Головин, его заместителем стал адмирал Крюйс, нанятый в Голландии. Шеин просто сопровождал царя в свите других знатных бояр. Положение для известного полководца унизительное…