Летом того же 1844 г. Буркхардт впервые начал свои занятия как преподаватель истории искусства в Базельском университете. Объявленный им поначалу курс лекций по немецкой истории не собрал желающих, и ему пришлось срочно переориентироваться — читать историю архитектуры для шести записавшихся, используя в качестве наглядных пособий литографии. В этих первых опытах Буркхардта, о которых можно судить по его сохранившимся текстам, еще сильно ощущается его зависимость от курса по искусству, который он слушал в Берлине у Ф. Куглера.

При всем интересе к искусству Буркхардт в эти молодые годы упорно утверждал свои возможности как историка широкого профиля. Его лекционный репертуар обогащается, включая курсы по истории средних веков, швейцарской, а затем и немецкой истории. В университете число его слушателей часто было невелико: так, например, курс по истории Швейцарии с древнейших времен до войны за освобождение от империи в 1499 г., четырежды повторявшийся в 1845-1853 гг., посещали в разные годы от 3 до 7 студентов. Ряд идей, которые развивал в этих лекциях Буркхардт, в частности, о роли алеманнов в ранней швейцарской истории, о сомнительных чертах в традиционном освещении начала борьбы швейцарцев за независимость и т.д., получили специальную разработку у других исследователей лишь позже, и заслуги Буркхардта в этой сфере были оценены только во второй половине XX в.

По мере того как со временем нарастала его известность ученого, росло и число тех, кто посещал лекции Буркхардта. Когда в 1868 г. Фридрих Ницше слушал его курс об изучении истории (на основе которого посмертно, в 1905 г., была издана книга «Рассмотрение всемирной истории» — «Weltgeschichtliche Betrachtungen»), лекции, выдержанные, по мнению Ницше, «в шопенгауэровском духе» и чрезвычайно ему понравившиеся, слушали 60 человек. Многое, разумеется, зависело также от тематики и материала лекций, от сознательной ориентации лектора на тот или иной уровень доступности изложения.

В 1844-1845 гг. Буркхардт прочитал впоследствии повторенный им цикл лекций по истории искусства от конца античности до XVII в., а в следующем семестре 1845-1846 гг. — его продолжение, от более подробной характеристики XVII в. в Испании и Фландрии до современной живописи. Лекции читались в Добровольном академическом обществе Базеля, существовавшем уже десять лет, предназначались для образованной публики («не для историков искусства», как говорил Буркхардт), и их посещали 100 человек. Трудность состояла в том, что такой большой аудитории уже невозможно было показывать литографии, как в университете, и Буркхардту пришлось обойтись вообще без изобразительных материалов — их должна была заменить выразительность слова лектора.