Хотя в начале февраля 1687 г. в Лондоне уже были готовы «верительные грамоты, инструкции и снаряжение»[1865] для чрезвычайного посланника Якова II в Москве, в России Гордона не утвердили в новой должности официально по причине его пребывания на царской военной службе[1866]. Тем не менее, Д.Г. Федосов отмечает, что «и без формального дипломатического ранга он на высоком уровне представлял интересы своего законного сюзерена в России»[1867]. Данные источников позволяют установить, что с 1686 г. вплоть до своей смерти в 1699 г.[1868] П. Гордон выполнял традиционные дипломатические функции: пытался урегулировать торговые отношения между двумя странами, информировал правительство Якова II о внутренней и внешней политике России, направлял в Лондон инструкции о приеме русских послов[1869]. В то же время Патрик Гордон регулярно информировал русский двор о положении в Британии. В 1689 г. прибывший в Москву польский агент де ла Невилль (француз по происхождению) был изумлен информированностью князя В.В. Голицына о положении дел на Британских островах[1870]. Отечественный историк А.Б. Соколов полагает, что главным источником сведений для него явился дьяк Василий Постников, побывавший в 1687 г. с миссией в Лондоне[1871], однако А. Брикнер доказывает, что «Голицын своим знанием английских дел был обязан главным образом Гордону»[1872]. Последнее подтверждается сведениями «Дневника» шотландского генерала[1873]. Таким образом, важнейшим итогом бурных событий 1686 г. явилось то, что Патрик Гордон, фактически, стал главным доверенным лицом и агентом Якова II в России.

На дипломатическом поприще генерал Гордон выступил уже в первые месяцы после прибытия в Россию в 1686 г. В частности, он использовал регулярные контакты с влиятельным князем В.В. Голицыным, чтобы смягчить «дурное мнение о нашем короле»[1874], сложившееся при русском дворе, где о Якове II говорили, что «он горделив выше всякой меры»[1875].

«Славная революция» 1688–1689 гг. предоставила П. Гордону возможность активнее проявить себя в роли дипломата, поскольку ему пришлось защищать при русском дворе права своего государя на потерянный им престол. В деятельности Патрика Гордона в России в качестве агента и представителя Якова II ключевое значение имели четыре фактора: роль, которую он играл в Немецкой слободе, личное влияние на царя Петра I, широкие связи с русской аристократией и, наконец, тот факт, что благодаря своим обширным знакомствам по всей Европе и интенсивной переписке, «шкоцкий» генерал «Петрушка» Гордон был, по мнению Д.Г. Федосова, самым информированным человеком в России[1876].