В ходе визита в Индонезию, 22 июня 1994 года, Хун Сен сообщил, что больше не будет никаких переговоров с лидерами «красных кхмеров», возможно только обсуждение условий их капитуляции. Хун Сен отдал распоряжение руководителям силовых ведомств Камбоджи тщательно изучить индонезийский опыт по подавлению мятежных партизанских группировок.

В июле 1994 года парламентская фракция Народной партии представила в Национальное собрание законопроект, объявлявший «красных кхмеров» вне закона. Сианук отказался подписать этот закон. Но вместо него 15 июля 1994 года это сделал председатель парламента Чеа Сим. «Красные кхмеры» осудили закон и объявили о создании правительства национального спасения во главе с Кхиеу Самфаном.

В августе 1994 года правительственные войска начали широкомасштабное наступление на позиции «красных кхмеров» на западе Камбоджи. Во время проведения боевых операций проявились серьезные трения между различными подразделениями королевской армии, которая состояла как бы из двух частей: соединений бывшей армии Народной Республики Кампучии и прежних вооруженных формирований партии ФУНСИНПЕК. Монархисты неохотно воевали со своими недавними союзниками — «красными кхмерами».

15 января 1995 года, по предложению Хун Сена, правительство не продлило амнистию для «красных кхмеров». Теперь всех бойцов «красных кхмеров», захваченных в плен, судили и сажали в тюрьму. На протяжении всего 1995 года и в первой половине 1996 года шли ожесточенные бои между правительственными войсками и отрядами «красных кхмеров».

Война правительства с «красными кхмерами» вновь принимала затяжной характер. Военные нужды по-прежнему поглощали большую часть государственного бюджета. Хун Сен прекрасно понимал, что народ ждет от него мира и эффективного решения социально-экономических проблем. Поэтому в августе 1996 года Хун Сен пошел на политическую сделку с Йенг Сари, который уже давно выступал за переговоры с Хун Сеном.

14 сентября 1996 года Сианук подписал королевский декрет об амнистии Йенг Сари, перешедшего вместе со своими отрядами на сторону правительства. Йенг Сари объяснил свой поступок тем, что он не хотел оказаться на стороне проигравших. Хун Сен утвердил Йенг Сари главой муниципалитета города Пайлина, расположенного на западе Камбоджи, вблизи границы с Таиландом. С 1979 года Пайлин находился под контролем «красных кхмеров», будучи их неформальной столицей.

После перехода Йенг Сари на сторону правительства в руководстве «красных кхмеров» стали безраздельно господствовать непримиримые во главе с Та Моком, выступавшим за продолжение войны с Хун Сеном.