Культура Просвещения и, в более общем плане, экспансия поведенческих моделей, диктуемых "разумом", крайне обеспокоила церковь Рима. Конфликт обострился, к тому же многие протестантские конфессии оказались благожелательно настроены к назревшим реформам. Красноречивым примером реакционно-оборонительной тактики церкви стал долгий понтификат Пия IX (1846–1878).

Его идеологический манифест заключен в энциклике Quanta сига, изданной 8 декабря 1864 года, к которой был приложен пресловутый Силлабус, о чем мы вкратце говорили в предыдущих главах. В комплексе этот документ, словно зеркало, отразил воззрения понтифика, почти одержимого опасностями либерального социума и осознающего, что современность может значительно усилить религиозную индифферентность.

Один из его преемников, Пий X (1903–1914), продолжал придерживаться такой непримиримой линии, вместе с тем чувствуя необходимость аннулировать слово "инквизиция", имевшее зловещий смысл и вызывавшее негативные ассоциации. Он провел реорганизацию курии и постановил называть структуру, что блюла чистоту веры, Священной Конгрегацией Сант-Уффицио, которой в 1917 году были переданы конкретные полномочия — отслеживать и обновлять список запрещенных книг.

В 1965 году папа Павел VI вновь поменял название этого органа — Священная Конгрегация по доктрине веры, — сохранив за ней прежнюю функцию — охранять и продвигать ортодоксию. В 1988 году Иоанн Павел II снял обязывающий эпитет "священная", оставив лаконичное звучание —

Конгрегация доктрины веры. В речи, произнесенной в марте 2000 года, он попросил прощения у мира за многие прегрешения церкви, включая деятельность инквизиции.

Индекс запрещенных книг тоже имеет любопытную историю. После изобретения Гутенбергом технологии книгопечатания (передвижные буквы) в середине XV века книги превратились в главного разносчика вольнодумства, будучи инструментами быстрого распространения опасных идей и мнений. Поэтому инквизиторам с самого момента основания Конгрегации вменили в обязанность, дав соответствующую власть, пресекать на корню издание еретических книг. Теологический факультет парижской Сорбонны, основной задачей которого было учительство и наставничество, опубликовал в 1544 году перечень, содержавший названия 230 книг (на латыни и французском языке), которые с того момента попадали под запрет.

Первая официальная редакция Индекса, то есть списка книг, представлявших опасность для веры и морали католиков, была подготовлена Конгрегацией священной римской и вселенской инквизиции в 1557 году. В ту эпоху папой был суровый и непреклонный Джан Пьетро Карафа, взошедший на трон под именем Павла IV. Посол Венеции в депеше своему правительству описал его так: "У него вспыльчивый темперамент и жестокий нрав… Он порывист, неудержим в исполнении обязанностей и не терпит, чтобы ему противоречили". Первый Индекс, очень избирательный и придирчивый, дошел до того, что подверг цензуре даже часть Библии и некоторые труды Отцов Церкви. В нем фигурировали "Декамерон" Боккаччо, "Государь" Макиавелли, а также "Новеллино" Мазуччо из Салерно и произведения Эразма Роттердамского, величайшего гуманиста тех лет, повинного в том, что он требовал реформирования церкви и ее обращения к истокам — чистоте и непорочности раннего христианства.