Другой конфликт связан с отношением церкви к тоталитарным идеологиям XX века: коммунизму, фашизму и нацизму. Римская инквизиция была достаточно сурова в отношении тех произведений, в которых политические доктрины дерзали представлять себя светской религией. Были осуждены даже отдельные расистские подделки, но не самая опасная среди них — пресловутая "Майн кампф", содержавшая программу, по большей части реализованную ее автором, Адольфом Гитлером. У истоков подобной глубокой "забывчивости" могли стоять самые разные причины. К примеру, историк Хуберт Вольф в работе "История Индекса: Ватикан и запретные книги" выдвигает предположение, что Эудженио Пачелли, вначале как госсекретарь, затем в качестве понтифика, мог считать неуместным открытый конфликт с могущественной Германией — Третьим рейхом. Впрочем, как заключает Вольф, "Майн кампф" не оказалось в Индексе запрещенных книг; однако не появились там и другие книги — Муссолини, Ленина или Сталина".

В целом Индекс постепенно терял актуальность из-за быстрой трансформации общества, возникновения новых средств коммуникации и диффузии идей, а также из-за того, что многие читатели, включая католиков по вероисповеданию, считали его неадекватным пережитком прошлого, устаревшим инструментом. Последняя редакция Индекса была выпущена в 1948 году; в 1954 году Пий XII велел напечатать дополнительный лист — приложение к нему, где были указаны еще пятнадцать произведений. Затем шаг за шагом формировались предпосылки, приведшие церковь ко Второму Ватиканскому собору, в ходе которого кардинал-архиепископ Кельна Йозеф Фрингс выступил с недвусмысленной критикой Индекса: "Мне кажется уместным и своевременным требовать, чтобы никто не мог быть обвинен, осужден или порицаем за свои религиозные убеждения, верны они или нет, поскольку прежде нужно обсудить все расхожие и, стало быть, неоднозначные доводы против человека или написанной им книги". Интересно отметить (это подчеркивает Хуберт Вольф), что эта часть текста была вручную добавлена самим кардиналом к общему проекту речи, подготовленному его консультантом, которого звали Йозеф Ратцингер.

Точку в истории Индекса поставил папа Павел VI. В рамках проведенной им реформы курии в 1965 году Сант-Уффицио был понижен в иерархическом статусе и поставлен в зависимость от решений кардинала. Конгрегация должна была продолжать получать заявления, обличающие подрывные книги. Однако ее задачей отныне стало не осуждать их, а "перепроверять". Но если Конгрегация больше не могла запрещать, то отсюда проистекала естественная необходимость упразднения перечня. Не предавая это решение огласке, действуя методом подковерной дипломатии, папа Монтини спокойно положил Индекс под сукно. Поступки этого папы, чей понтификат был весьма драматичным, диктовались, помимо прочего, пониманием того, что книги стали только одним из каналов, причем отнюдь не самым широким, распространения идей на земном шаре. Книга, игравшая ключевую роль в эпоху Контрреформации, сейчас превратилась в одно из средств массовой информации, в составную часть блестящей пентархии[125] — вместе с радио, кино, телевидением и Интернетом, чья революционная эпоха уже наступала. С 1998 года архивы Индекса и бывшей инквизиции доступны для исследователей. Список авторов и произведений, век за веком объявляемых вне закона, включает в себя чуть ли не все шедевры современной мысли — научной, философской и художественной: Бальзак, Беркли, Декарт, д’Аламбер, Дарвин, Дефо, Дидро, Дюма (отец и сын), Флобер, Гейне, Гоббс, Гюго, Юм, Кант, Лессинг, Локк, Мальбранш, Стюарт Милль, Монтень, Монтескье, Паскаль, Прудон, Руссо, Санд, Спиноза, Стендаль, Стерн, Вольтер, Золя. Среди итальянцев: Аретино, Беккариа, Бруно, Кроче, Д’Аннунцио, Фогаццаро, Фосколо, Галилей, Джентиле, Джанноне, Джоберти, Гвиччардини, Леопарди, Макиавелли, Мингетти, Монти, Негри, Розмини, Саккетти, Сарпи, Савонарола, Сеттембрини, Томмазео, Верри. В хронологическом ряду наиболее близкими к нам оказались: Симона де Бовуар, Андре Жид, Альберто Моравиа, Жан-Поль Сартр.