Индекс был опубликован в начале 1559 года, чему предшествовал декрет инквизиции, постановлявший следующее: "Пусть никто более не осмелится писать, издавать, печатать сам или заставлять печатать кого-либо, продавать, покупать, давать в кредит, дарить либо под каким-либо предлогом получать, держать у себя, хранить у себя или требовать от других хранить любые из книг и сочинений, поименованных в данном Индексе Сант-Уффицио". Указывались фамилии авторов, которых разделили на три категории; первая включала тех, кто совершил проступки ex professo (преднамеренно); вторая охватывала тех, кого осудили лишь за часть ими написанного; наконец, в третьей фигурировали произведения еретического содержания, увидевшие свет анонимно.

Новая версия Индекса, исключительной важности, была инициирована папой Пием IV после закрытия Тридентского собора. В пандан[123] к ней шли десять правил, или норм, имевших силу вплоть до 1896 года. Среди них, например, запрет мирянам читать Библию, переведенную на народные языки (вольгару). Действительно, в постановлениях Тридентского собора единственным авторизованным вариантом Священного Писания была признана латинская Вульгата. Все иные тексты — от "оригиналов" на греческом и еврейском языках до современных переводов — попали под запрет.

Индекс, отредактированный Тридентским собором, появился в обращении весной 1564 года под таким километровым заголовком: Index librorum prohibitorum cum regulis confectis per Patres a Tridentina Synodo delectos, auctoritate Sanctiss. D. N. Pii IV, Pont. Max. comprobatus, то есть: "Индекс запрещенных книг, согласно нормам, подобранным епископатом, собравшимся на Собор в Тренто (Тридент), утвержденный властью нашего святейшего Папы Пия IV". Конгрегация представила гигантскую программу цензурирования всех произведений, которые расходятся с официальным вероучением хотя бы в одном мельчайшем аспекте. Под топором палача пали Отцы Церкви (от Амвросия Медиоланского и Тертуллиана до Фомы Аквинского); медицинские трактаты, раскрывавшие секреты человеческого "механизма" (Гиппократ, Гален, Парацельс); философы (к примеру, Платон и Аристотель); историки (вроде Геродота, Тацита, Фукидида); античные классики чуть ли не в полном составе (Овидий, Вергилий, Гораций, Саллюстий, Тит Ливий, Плутарх, Гомер, Катон, Плавт, Эзоп).

Пристальное внимание было уделено еврейскому Талмуду, состоящему из Мишны, то есть кодекса Устного Закона, и Гемары — комментария раввинов. Эти фундаментальные книги еврейской мудрости и сострадания были сожжены в Риме при папе Юлии III в 1553 году. На Тридентском соборе установили, что евреи могли читать их вновь, но в очищенной форме, избавленной от противоречий с Новым Заветом, от "оскорблений и поношений католической церкви" и прочих непристойностей. Здесь стоит уточнить, что нет и не может быть уверенности в сколь-либо эффективном исполнении этих предписаний.