Конгрегация Индекса всегда пребывала в некотором подчинении у наводящей страх Верховной конгрегации инквизиции (Suprema Congregatio), которая, будучи прекрасно дотируемой, собиралась на свои заседания с завидной регулярностью — два раза в неделю, один из них — в присутствии понтифика. Между тем комиссия Индекса обладала более скудными фондами и весьма скромной численностью персонала; даты ее заседаний были менее частыми и определенными. Даже если официально на их заседаниях председательствовал кардинал, фактически курирующим сотрудником оставался секретарь, выбиравшийся среди членов ордена доминиканцев. Магистр Священного дворца — теолог папы — входил в обе Конгрегации сразу и обладал правом запрещать хождение и распространение тех или иных книг в городе Риме. Гораздо более прибыльной была должность секретаря инквизиции, которого по окончании службы (длившейся от одного года до девяти лет) возводили в ранг кардинала.

"Философия", оправдывавшая цензуру, табу и запреты, бросалась в глаза уже на обложке Индекса, украшенной прихотливой виньеткой: сверху два ангела придерживают картуш с надписью Index librorum prohibitorum, дополненный гербом царствующего папы; посередине святые Петр и Павел, один с ключами, второй — с мечом. Оба апостола пристально глядят на костер, где сжигаются книги, в то время как присные их продолжают бросать в пламя все новые и новые сочинения; снизу две строки, приписываемые Павлу (Деяния, 19, 19), которые послужили подписью к рисунку и обоснованием горящим страницам: "А из занимавшихся чародейством довольно многие, собрав книги свои, сожгли перед всеми, и сложили цены их, и оказалось их на пятьдесят тысяч драхм"[124].

Напряженные, полные страстей периоды сменялись весьма спокойными и вялотекущими. Конгрегация Индекса, искусно балансируя между ними, просуществовала вплоть до XX столетия и вновь окрепла на волне конфликта Римской церкви с современным миром, обострившегося в эпоху Пия IX. Камнем преткновения, вызывавшим яростную конфронтацию, в частности, стала тенденция протестантских конфессий изучать и анализировать священные тексты в историко-критической перспективе. Современный этап в экзегетике Писания начался в век Просвещения, когда Лессинг опубликовал (1776 год) фрагмент анонимного труда, автора которого тем не менее все прекрасно знали: это был Самуэль Реймарус, профессор кафедры восточных языков из лицея Гамбурга.

В этом тексте, озаглавленном "О цели Иисуса и его учеников", Реймарус впервые выдвигает гипотезу о том, что намерения пророка Иисуса и его апостолов были не схожи между собой. Иисус терпит историческую неудачу и страдает из-за нее, но благодаря инициативе учеников преодолевает ее через "изобретение" воскрешения, что превращает Христа в мифический персонаж. Здесь проходит первая линия раскола между историческим Иисусом, которого рассматривают как одного из многих пророков Израиля, и Христом веры.