Обстановка в Греции для Цезаря сложилась неблагоприятной, сказывалась ошибка в выборе операционного направления через Адриатическое море, которая привела к дроблению сил, так как переправить второй эшелон не удалось. Часть транспортных судов была уничтожена флотом Помпея, который теперь блокировал Брундизий и греческое побережье. Легионы Цезаря были отрезаны от Италии, силы его оказались раздробленными. Но, воспользовавшись бездействием противника, он оставил против него небольшой заслон, а главными силами двинулся к югу и утвердился в Эпире и Этолии, расширив, таким образом, промежуточную базу,

В это время войска второго эшелона армии Цезаря под командованием Антония, преградив флоту Помпея доступ к пресной воде, заставили снять блокаду Брундизия. В ночь на 15 февраля 48 года до н. э. Антоний посадил на суда 4 легиона, всю кавалерию и отплыл к берегам Греции. Буря отнесла суда к северу, и войска пришлось высадить в Лиссе. Узнав об этом, Цезарь решил соединить силы в Тиране, находившейся в 30 км к востоку от Дирахия, в 50 км от Лисса и в 70 км от расположения своих войск. Помпей поставил перед своими войсками задачу не допустить соединения войск противника, но осуществить это ему не удалось. Соотношение сил изменилось в пользу Цезаря, который имел теперь 11 легионов против 9 легионов Помпея. В лагере Помпея начались бесконечные споры о способе дальнейших действий. Наконец было решено остаться в Дирахии.

Цезарь пытался маневрированием своих легионов втянуть Помпея в бой, но тот заперся в укрепленном лагере, примыкавшем к морю. Тогда Цезарь решил блокировать армию Помпея с суши. Легионы Цезаря окружили лагерь противника валом длиной около 24 км и построили 25 редутов, поместив в них гарнизоны. Помпей также прикрыл свой лагерь валом с редутами протяжением около 20 км. Связь со своей базой в Дирахии он поддерживал морем. Помпей не предпринимал против войск Цезаря активных действий и ограничился несколькими частными вылазками.

Блокада армии Помпея несколько улучшила положение войск Цезаря, так как конница противника, запертая в лагере, не угрожала его коммуникациям. Вскоре положение войск Помпея стало ухудшаться, так как легионы Цезаря лишили их пресной воды, отведя в сторону ручьи и реки. Не хватало фуража, усилились инфекционные заболевания. Все это значительно ослабило армию Помпея. Но Цезарь снова допустил ряд крупных ошибок, разбросав свои силы: 2 легиона пошли навстречу сирийским легионам Помпея, 1¹/₂ легиона были направлены в Элладу для привлечения греков на сторону Цезаря. Вызванные Цезарем подкрепления, двигавшиеся через Иллирию, задержались в пути. «Движение и действия Ю. Цезаря были крайне неосторожны, за что, впрочем, он и был наказан», – отмечал Наполеон.