Боевой порядок армии Помпея, по свидетельству Фронтина, состоял из трех линий, в каждую из которых входило по 10 шеренг, так что общая глубина построения достигала 30 шеренг. На правом крыле находился киликийский легион, усиленный когортами, прибывшими из Испании; это были самые надежные войска. В центре находились два сирийских легиона. Левое крыло составили два легиона, переданные Цезарем Помпею по постановлению сената в начале их борьбы. Около двух тысяч добровольцев-ветеранов было распределено но всему фронту. Вся конница, лучники и пращники построились на левом фланге. Правый фланг боевого порядка упирался в ручей Энипей с крутыми берегами. Помпей находился на левом фланге. Семь когорт были оставлены для охраны лагеря.
Помпей приказал своим легионам ждать атаки противника, не двигаясь с места. «Говорили, что такой совет дал ему Г. Триарий, указавший, что первый бурный натиск неприятельской пехоты должен будет сломиться, фронт растянется и только тогда его солдаты должны будут в сомкнутых рядах напасть на разрозненные неприятельские части. При этом он (Помпей
Боевой порядок армии Цезаря состоял также из трех линий. Правое крыло составлял его лучший 10-й легион, левое – 8-й и 9-й легионы, понесшие значительные потери в предыдущих боях; в центре находились остальные легионы. Левый фланг упирался в ручей Энипей, на правом фланге стояла конница, усиленная легко вооруженной пехотой. Опасаясь за свое правое крыло, Цезарь взял из третьей линии по одной когорте и создал четвертую линию: шесть когорт построил за своим правым флангом под прямым углом к фронту, а из остальных составил небольшой резерв. Этим шести когортам были даны специальные указания о действиях совместно с конницей; при этом Цезарь сказал, что победа зависит исключительно от храбрости этих когорт. Третьей линии было запрещено идти в атаку до особого сигнала.