В апреле 1990 г. переговоры возобновились, затянувшись надолго. Правительство требовало от повстанцев сложить оружие и «включиться в демократический процесс». ФНОФМ соглашался на это только при условии чистки правительственной армии от реакционных элементов, наказания военных, виновных в нарушении прав человека, ликвидации карательных частей и осуществлении ряда других мер по демократизации республики. В 1991 г. в ходе переговоров при посредничестве ООН мучительно трудно, но все же стали намечаться с обеих сторон поиски компромиссных решений.

Наконец 16 января 1992 г. в Мехико было подписано соглашение о мире, положившее конец почти 12-летней гражданской войне, которая унесла 75 тыс. жизней. Боевые действия прекращались. В течение 9 месяцев повстанцы должны были разоружиться. Им гарантировались все гражданские и политические права. ФНОФМ преобразовался в легальную политическую партию. Вооруженные силы Сальвадора подлежали сокращению с 63 тыс. человек вдвое в течение двух лет и переходили под контроль гражданских властей. Репрессивные службы полиции и специальные карательные подразделения армии ликвидировались. Распускались военизированные гражданские организации. Предусматривалось создание национальной гражданской полиции с участием бывших бойцов ФНОФМ. Новая доктрина национальной безопасности должна была обеспечить невмешательство армии в политику и ограничить ее функции защитой суверенитета и территориальной целостности республики. Демократизировались избирательная и судебная системы. Правительство обязалось провести аграрную реформу, наделить землей крестьян и бывших бойцов ФНОФМ. Наблюдать за выполнением условий соглашения поручалось специальной миссии ООН.

Соглашение, таким образом, предусматривало демилитаризацию и глубокие демократические преобразования в Сальвадоре на основе широкого национального согласия и означало поражение правоэкстремистских сил. Это явилось важнейшим результатом гражданской войны 1980–1992 гг.

17 декабря 1992 г. в столице Сальвадора в присутствии Генерального секретаря ООН Бутроса Гали состоялась торжественная церемония национального примирения, констатировавшая завершение выполнения основных положений о мире. Получив легальный статус в качестве политической партии, ФНОФМ определил себя как «революционная и демократическая» партия, которая намерена мирными средствами бороться за демократические преобразования и социальную справедливость, имея конечной целью построение социализма. В марте 1994 г. состоялись всеобщие выборы, на которых победил правящий Националистический республиканский союз.