Положение в Панаме продолжало обостряться. Было раскрыто несколько заговоров против Норьеги. 3 октября 1989 г. группа военных подняла восстание с требованиями отставки диктатора, но оно было подавлено. Руководители и организаторы восстания были тут же расстреляны. 11 октября Норьега был провозглашен «координатором народной власти», а 14 декабря – главой правительства, чем были закреплены его неограниченные полномочия. Норьега обвинил Вашингтон в причастности к попыткам его свержения и в подготовке интервенции против Панамы. 15 декабря в Панаме было объявлено «военное положение для сопротивления американской агрессии».

В ночь на 20 декабря 1989 г. американские войска численностью свыше 20 тыс. человек атаковали позиции Сил национальной обороны Панамы в густонаселенных кварталах столицы. Целями вторжения были объявлены свержение диктатуры Норьеги, его захват для передачи судебным органам США, восстановление демократии и защита проживающих в Панаме американских граждан. Силы национальной обороны оказали сопротивление, но войска США, имевшие подавляющее преимущество, в течение 20 декабря овладели основными стратегическими позициями в столице. 25 декабря Норьега явился в представительство Ватикана в Панаме. В начале января по настоянию Вашингтона он был выдан американцам и отправлен под арест в США. Там началась подготовка суда над ним по обвинению в нарушении прав человека, коррупции и причастности к контрабанде наркотиков в США.

21 декабря конституционным президентом Панамы был провозглашен победивший на аннулированных Норьегой майских выборах кандидат Гражданского демократического альянса оппозиции Гильермо Эндара, сформировавший новое правительство республики. К середине февраля 1990 г. американские войска были выведены из Панамы, кроме 13,5 тыс. человек, постоянно находившихся на военных базах США в зоне Панамского канала.

Вторжение войск США в Панаму было осуществлено под благовидным предлогом устранения коррумпированного преступного диктатора, связанного с наркомафией, восстановления демократии и передачи власти законно избранному панамцами президенту. Но в любом случае это было грубейшим нарушением норм международного права, прямой вооруженной интервенцией, показавшей, что и в новых условиях Вашингтон не отказался от рецидивов имперской политики в Латинской Америке. От бомбардировок, артобстрела и военных операций погибли несколько сотен панамцев и свыше 4 тыс. человек, преимущественно гражданское население, были ранены. В столице значительно пострадали жилые кварталы. США добились замены неугодного им режима на дружественный в стратегически важном для них районе Панамского канала. Многие латиноамериканские правительства и парламенты, ОАГ, Генеральная Ассамблея ООН выразили осуждение интервенции США в Панаме.