Всеобщие выборы состоялись 25 февраля 1990 г. В них участвовало 86,3% избирателей. НСО победил, получив 54,7% голосов и абсолютное большинство мест в Национальной ассамблее (51 из 92). За СФНО проголосовали 40,8% участников выборов, и он приобрел 39 мест в парламенте. Сандинисты получили наибольшую поддержку среди служащих и рабочих госсектора, студентов, военных. Оппозицию поддержали предприниматели; мелкие собственники, значительная часть трудящихся частного сектора, лиц, потерявших работу, крестьян. Сандинисты сохранили роль влиятельной массовой политической силы, успешно противостоять которой остальные партии на выборах смогли лишь вместе. СФНО подтвердил свое обещание уважать итоги выборов и заявил, что будет отстаивать завоевания революции в рамках закона. 25 апреля 1990 г. Даниэль Ортега передал президентские полномочия Виолете Барриос де Чаморро.

После почти 11 лет пребывания у власти СФНО перешел в оппозицию, но сохранил влиятельнейшие позиции в стране. Армия осталась сандинистской, полиция, администрация государственных учреждений и предприятий, крупнейший профцентр, ряд других массовых организаций также оставались оплотом сандинистов. Это делало власть нового правительства довольно эфемерной. Умиротворение и нормализация обстановки в республике были невозможны без участия СФНО, что понимали В. Чаморро и ее окружение. Еще в марте было достигнуто соглашение между В. Чаморро и руководством СФНО об укреплении мира и демократического процесса в республике на основе взаимопонимания, с учетом осуществленных преобразований. Силы обороны и охраны порядка обязались подчиняться новому президенту. В. Чаморро, став президентом, взяла на себя функции министра обороны, но главнокомандующим армией оставила сандиниста Умберто Ортегу, несмотря на недовольство контрас и консервативного крыла НСО. Это должно было обеспечить сотрудничество нового правительства с сандинистской армией и национальное согласие.

В мае 1990 г. по настоянию В. Чаморро и сандинистов наконец началось разоружение контрас, завершившееся 29 июня их полной демобилизацией. Всего были разоружены 22 тыс. человек, которые трудоустраивались, получали право на приобретение земельных участков и политическую деятельность. Армия Никарагуа была сокращена с 96 тыс. до 28 тыс. человек к концу 1990 г. Были восстановлены нормальные торгово-экономические связи с США и другими западными странами, оказавшими финансовую помощь Никарагуа.