Спустя несколько недель патриарха ждал новый удар. В ночь на 21 сентября 1610 года бояре, опасавшиеся Тушинского вора, впустили в Москву польское войско гетмана Жолкевского. Протесты патриарха не были приняты во внимание. Святителю было сказано прямо, что его дело смотреть за церковным строением, в мирские же дела ему вмешиваться не следует.
Между тем Сигизмунд отказался от достигнутых ранее договоренностей. Теперь уже он сам, а не королевич Владислав намеревался занять русский престол. Разумеется, вопрос о переходе короля в православие даже не ставился; фактически речь шла о простом присоединении России к Речи Посполитой.
Филарет и Голицын, однако, не поддавались на уговоры поляков и твердо держались того наказа, который дал им патриарх. В конце концов, им пришлось отправлять в Москву гонца за дополнительными инструкциями. К тому времени в Москве уже знали о намерениях Сигизмунда. Среди бояр нашлось немало таких, кто готов был полностью подчиниться королю: ими двигало чувство самосохранения и животный страх перед чернью, все еще поддерживавшей Тушинского вора. И лишь патриарх по-прежнему незыблемо стоял на защите православия и государственных интересов России. Не раз изменники бояре приходили к нему, убеждая подчиниться требованиям короля. Во время одной из таких встреч, 30 ноября, Гермогену предложили подписать заранее составленную грамоту королю. Патриарх не только сам решительно отказался подписывать грамоту, но и воспретил делать это боярам; кроме того, он стал угрожать разрешением русских людей от клятвы королевичу Владиславу и призывом к открытой защите веры и государственности. В приступе гнева один из изменников, Михайло Салтыков, замахнулся ножом на патриарха. Гермоген не испугался, но тут же проклял боярина. Немного спустя Салтыков раскаялся и выпросил прощение — но, конечно, неискренне, лишь внешне. Он так и остался личным врагом патриарха.
На следующий день в Успенском соборе святитель обратился к народу с речью, убеждая собравшихся не присягать королю, но встать на защиту веры и отечества. Эти слова нашли самый живой отклик в сердцах людей, хотя поляки и постарались, чтобы крамольные речи патриарха не получили дальнейшего распространения. Бояре же все-таки отправили грамоту своим послам под Смоленск с выражением готовности признать волю короля Сигизмунда. Подпись Гермогена отсутствовала, и это дало основание русским послам не подчиниться указаниям московских изменников. Голицын и Филарет заявили, что без согласия патриарха не может быть и речи о каких бы то ни было уступках. «У нас, — говорил полякам Василий Голицын, — издавна так велось при прежних государях: когда какое-либо государственное или земское дело начиналось, то все государи наши призывали на совет патриарха и митрополитов и архиепископов и без их совета ничего не приговаривали. Ныне по грехам нашим мы стали без государя, а патриарх у нас человек начальный (то есть главный. —