К этому времени изменилась ситуация и в самой России. 11 декабря 1610 года Лжедмитрий II был убит одним из своих сподвижников, крещеным татарином Петром Урусовым. Весть об этом вызвала бурную радость в Москве — как среди поляков и их приспешников, так и среди патриотов. Если прежде многие мирились с присутствием в столице поляков, главным образом, из-за боязни Вора, то теперь все чаще стали раздаваться призывы к изгнанию захватчиков. По свидетельству самих поляков, «для лучшего в замысле успеха и для скорейшего вооружения русских патриарх Московский тайно разослал по всем городам грамоты, которыми, разрешая народ от присяги королевичу, тщательно убеждал соединенными силами как можно скорее спешить к Москве, не жалея ни жизни, ни имуществ для защиты христианской веры и для одоления неприятеля». Первые (не сохранившиеся) патриотические воззвания патриарха Гермогена появились 25 декабря 1610 года; последующие были написаны 8 и 9 января 1611 года в Нижний Новгород и Суздаль или Владимир.

Поляки и московские изменники постарались изолировать патриарха от народа. 16 января 1611 года на патриаршем дворе была поставлена стража, не пропускавшая даже его дворовых слуг; «дьяки и подьячие и всякие дворовые люди поиманы, а двор его весь разграблен». Эти меры должны были предотвратить появление новых воззваний Гермогена. Но изоляция святителя не остановила широкого народного движения. Призывы патриарха и других русских патриотов были услышаны; в городах России стало создаваться народное ополчение для борьбы с польскими оккупантами и освобождения Москвы. Автор так называемой «Новой повести о преславном Российском царстве и великом государстве Московском, о страдании нового страстотерпца святейшего кир Гермогена, патриарха всея Руси», написанной во время заточения святителя, очень хорошо показал, какое значение придавали русские патриоты величественной фигуре томившегося в плену патриарха: «О столп крепкий и непоколебимый! О крепкая стена и забрало у Бога и Пречистой Его Матери! О твердый алмаз, о поборник непобедимый! О непреклонный веры заступник! О воистину пастырь неложный!.. И видим все: не даст слову Божию пропасть на земле и, хотя всегда рядом со смертью ходит возле общих наших врагов и губителей, однако хранит надежду на Творца нашего и Божию Матерь, и на великих чудотворцев, общих наших заступников и богомольцев. Ежели ему, государю, и случится за слово Божие умереть — не умрет, но жив будет вовеки. Во всеуслышание и решительно следует сказать: если бы таких великих, стойких и непоколебимых столпов было у нас не мало, то никогда бы в нынешнее злосчастное время наша бы святая и непорочная вера от тех душепагубных волков, от явных врагов, чужих и своих, не пала, но еще более бы просияла. А ныне один уверенно стоит и всех держит, а врагам сурово грозит. Один только у нас ныне есть у Бога и Пречистой Его Матери стена и забрало, так это он, государь, великий святитель и крепкий заступник».