В 1789 году началась новая русско-турецкая война, в начале которой русские войска действовали довольно вяло. В 1790 году турки попытались предпринять наступление в Молдавии, причем захватили Нямец. К счастью, монастырь они не тронули. Вновь обитель наполнилась беженцами. Вскоре, однако, русские войска вступили в Молдавию. В том же 1790 году обитель посетил архиепископ Екатеринославский Амвросий, который возвел старца Паисия в сан архимандрита.

Осенью 1794 года преподобный заболел. Еще прежде он прекратил занятия переводами, хотя продолжал просматривать и редактировать переводы, подготовленные учениками. Чувствуя приближение смерти, старец причастился Святых Таин, затем через двух старших духовников — Софрония для славянской братии и Сильвестра для молдавской — преподал мир и благословение всей братии Нямецкого монастыря и других обителей, находившихся под его духовным руководством. Преставился преподобный 15 ноября 1794 года, на семьдесят втором году жизни.

Влияние старца Паисия Величковского на возрождение духовной жизни в России XVIII–XIX веков огромно. Государственные гонения на монашество в России в XVIII веке, утеснения при Петре I и его преемниках вплоть до окончательной конфискации в 1764 году Екатериной II всех земельных церковно-монастырских имуществ с полной ликвидацией многих монастырей приводили к временной эмиграции монашествующих из Великороссии в Малороссию, а затем и в православную Молдавию. Этот поток переселенцев и возглавил преподобный Паисий, который, по словам историка Русской Церкви А. В. Карташева, «воспринял древнюю исихастическую традицию, перевел и составил из цитат греческих аскетических писателей целую энциклопедию-библиотеку аскетического любомудрия, известную под именем „Добротолюбия“ (греч. „Филиокалия“), и воспитал около себя целую дружину учеников и последователей этого учения об умной молитве и молитве Иисусовой под руководством старцев. Ученики Паисия сами стали возвращаться на родину с этим драгоценным духовным капиталом. Все среднерусские (курские, тамбовские, воронежские) обители пронизаны были монашеским движением, распространявшим „Добротолюбие“ и „старчество“».

Опосредованное влияние преподобного Паисия испытали на себе почти все русские подвижники XVIII и XIX столетий. Так, например, преподобный Серафим Саровский, величайший из русских святых нового времени, получил благословение на уход в Саров от затворника Китаевской пустыни (под Киевом) старца Досифея; Досифей же духовно был связан с обителью преподобного Паисия и направлял туда своих учеников для научения истинному иноческому житию. «Добротолюбие» Паисия Величковского стало настольной книгой курянина Прохора Мошнина — будущего Серафима Саровского. В еще большей степени с наследием преподобного Паисия связана история Оптиной пустыни — великой святыни православной Руси. Первые великие оптинские старцы, преподобные Лев (Леонид), Макарий, Моисей, были прямыми учениками учеников преподобного Паисия Величковского; в свою очередь, их учеником явился великий Амвросий Оптинский. В Оптиной пустыни было выпущено в свет Житие преподобного Паисия, а также его переводы святоотеческих творений. По словам еще одного знаменитого историка Русской Церкви Г. П. Федотова, «Паисий Величковский становится отцом русского старчества. Непосредственно связанная с ним Оптина пустынь и Саров делаются двумя центрами духовной жизни: два костра, у которых отогревается замерзшая Россия».