В начале 1750 года на Афон прибыл схимонах Василий Поляномерульский — наставник всех молдавских иноков. Он долго беседовал с преподобным и отсоветовал ему жить в уединении. По просьбе преподобного Василий облачил его в мантию (то есть в полное монашеское облачение) и нарек при этом новым именем — тем самым, под которым преподобный и вошел в духовную историю православного мира, — Паисий.

Вскоре к старцу Паисию пришел монах Виссарион и стал проситься жить вместе с ним и пользоваться его наставлениями. Паисий сперва отказался со слезами: «Брат, я сам, как и ты, ищу учителя»; он считал себя недостойным быть наставником других. Но Виссарион не уходил. Тогда Паисий согласился принять Виссариона, но не в качестве ученика, а в качестве друга, чтобы вместе разделять все труды и подвиги иноческого жительства. С таким условием преподобный принимал и других иноков, приходивших к нему. Так с течением времени вокруг него образовалась небольшая община из нескольких человек.

Когда число братии достигло двенадцати человек, возникла необходимость в священнике и духовнике. Братия обратились с просьбой к Паисию, чтобы тот принял на себя священнический сан. Преподобный и слышать не хотел об этом, но к просьбам братии присоединились другие афонские подвижники и уважаемые старцы, и Паисий вынужден был согласиться. Он был рукоположен в священники в 1758 году, в возрасте тридцати шести лет. Рассказывают, что будучи иереем, преподобный никогда не мог совершать литургию без слез.

Все новые иноки приходили в общину, привлеченные личностью наставника. Сам Паисий писал в эти годы: «Возлюбивши Господа и ради любви к Нему ни во что вменивши все блага мира, братия все покинула и, взявши крест свой, последовала Господу. Они стараются нести тяготы друг друга, иметь одну душу и сердце, друг друга побуждать к добрым делам, друг друга превосходить верою и любовью к своему старцу. Видя это, я радуюсь душою и со слезами благодарю Бога, что Он сподобил меня видеть таких рабов Своих и жить вместе с ними и утешаться их лицезрением».

Прежний скит оказался мал для братии. С благословения патриарха Константинопольского Серафима иноки переселяются в Ильинский скит монастыря Пантократора (Вседержителя). По примеру многих других национальных афонских монастырей этот скит стал обителью украинцев. Впоследствии, в середине XIX века, Ильинская обитель стала одной из крупнейших и прославленных на Афоне.

По глубокому убеждению преподобного, наставник обители не должен учить братию «по своему единоличному разуму и рассуждению, но нужно держаться истинного и правильного смысла Божественного писания, как учат Божественные отцы, вселенские учители, а также учители и наставники монашеской жизни, просвещенные благодатию Святого Духа». Но для того чтобы в своей иноческой жизни и в жизни всей монашеской общины руководствоваться истинным учением святых Отцов Церкви, необходимо, прежде всего, собрать и тщательно изучить их труды. Этому делу старец Паисий и посвящает всю свою жизнь.