10 декабря 1855 года в соборе Петра и Павла в Санкт-Петербурге преосвященный Христофор, епископ Ревельский, рукоположил Иоанна Сергиева в диаконы, а 12-го числа того же месяца — в священники. Он получил место ключаря в Андреевском соборе города Кронштадта, сменив своего тестя, незадолго до этого скончавшегося. Так началось пастырское служение отца Иоанна. Пятьдесят три года своей жизни — до самой смерти — отец Иоанн прослужил на одном месте, в Андреевском соборе. В течение сорока лет он был простым священником и лишь в конце жизни, в 1894 году, стал настоятелем храма.

Вся жизнь отца Иоанна оказалась связана с Кронштадтом. В годы его великой всероссийской славы многие забывали его фамилию, Сергиев, и называли святого пастыря Иоанном Кронштадтским. Да и сам он нередко подписывался этим именем.

«С первых же дней своего высокого служения Церкви, — писал впоследствии отец Иоанн, — я поставил себе за правило: сколь возможно искреннее относиться к своему делу, пастырству и священнослужению, строго следить за собою и за своею внутреннею жизнью. С этой целью прежде всего я принялся за чтение Священного писания, Ветхого и Нового заветов, извлекая из него все назидательное для себя, как для человека вообще и священника в особенности. Потом я стал вести дневник, в котором записывал свою борьбу с помыслами и страстями, свои покаянные чувства, свои тайные молитвы к Богу и свои благодарные чувства за избавление от искушений, скорбей и напастей». Впоследствии извлечения из дневника протоиерея Иоанна Ильича Сергиева были изданы отдельной книгой: «Моя жизнь во Христе, или минуты духовного трезвения и созерцания, благоговейного чувства, душевного исправления и покоя в Боге» (в двух томах).

Прежде всего, отец Иоанн поставил перед собой цель заслужить любовь и доверие паствы. Каждый воскресный или праздничный день он произносил в храме проповеди или беседы, которые со временем стали собирать тысячи верующих. Иоанн Кронштадтский обладал удивительным даром слова: он говорил просто и понятно для каждого, голос его проникал в самую душу слушателей.

Со временем отец Иоанн поставил себе в обязанность ежедневно совершать литургию — что казалось совершенно невозможным для других священников. Впрочем, он не сразу пришел к этому. «Первые годы я не каждый день совершал литургию, — вспоминал он, — и потому часто расслабевал духовно. Потом стал ежедневно причащаться». В последние тридцать пять лет своей жизни святой служил ежедневно, кроме тех дней, когда утро заставало его в пути или когда он тяжело болел. Во время своей первой литургии отец Иоанн обратился к пастве с такими словами: «Сознаю высоту моего сана и соединенных с ним обязанностей, чувствую свою немощь и недостоинство, но уповаю на благодать и милость Божию, немощных врачующую и оскудевающих восполняющую. Знаю, что может сделать меня более или менее достойным этого сана и способным проходить это звание. Это — любовь ко Христу и к вам, возлюбленные братия и сестры мои. Да даст и мне любвеобильный ко всем Господь искру этой любви, да воспламенит ее во мне Духом Святым».