Кроме того, Дом трудолюбия включал в себя особую систему просветительских учреждений и разного рода ремесленных школ, в которых подростки и взрослые могли обучиться какому-либо ремеслу. Так, имелись: бесплатная начальная школа (в которой в 1903 году обучалось 259 детей); мастерская для обучения различным ремеслам, главным образом, работе по дереву (61 человек); рисовальный класс с бесплатным обучением для бедняков (около 30 человек); мастерские женского труда, главным образом для девочек, в которых обучали шитью, кройке, вышиванию (около 50 человек); сапожная мастерская; детская библиотека; зоологическая коллекция; зал для занятий военной гимнастикой. Для взрослых была организована воскресная школа, разбитая по степеням грамотности на несколько групп (в 1897 году в ней обучались 133 мужчины, 34 женщины, большинство из которых были моложе 30 лет). Также устраивались народные лекции, чтения. (В 1898 году средняя посещаемость их составляла 264 человека.) Существовала бесплатная народная читальня и платная библиотека. Православное попечительство занималось также издательской деятельностью: в основном издавались брошюры, составленные из трудов самого отца Иоанна Кронштадтского.

Но и это еще не все. При Доме трудолюбия были устроены: приют для детей, главным образом сирот, а также дневное убежище для малолетних (на 50 человек); загородная летняя дача для детей; богадельня для бедных женщин (на 22 человека); народная столовая с небольшой платой и благотворительными обедами в праздники (она работала в течение одиннадцати часов каждый день и отпускала от 400 до 800 обедов ежедневно); бесплатная лечебница (в 1896 году через нее прошел 2721 больной). У Дома имелся и свой огород при детской загородной дачи. Дом трудолюбия, основанный Иоанном Кронштадтским, стал образцом для подобных учреждений, возникавших в Санкт-Петербурге и провинциальных городах России.

В 1888 году отцом Иоанном был построен большой каменный ночлежный дом, рассчитанный на пребывание 84 мужчин и 24 женщин. Символическая плата составляла 3 копейки за ночь. Для постояльцев ночлежки выписывали газеты. В 1891 году построили и странноприимный дом с бесплатным и платным отделениями. При этом — что очень важно — помощь оказывалась всем неимущим, независимо от их национальности и вероисповедания.

Понятно, что для нормальной работы Дома трудолюбия необходимы были колоссальные средства. И они шли в качестве пожертвований от частных лиц и благотворительных организаций. Попечительство выдавало также пособия нуждающимся — деньгами (от 1 до 20 рублей), одеждой, обувью и другими вещами. Дело, начатое отцом Иоанном как частная благотворительность, приобрело едва ли не общенациональный масштаб.