Это было очень необычно для священника. Многие недоумевали, не верили в искренность отца Иоанна или даже глумились над ним, называли его юродивым. За отцом Иоанном толпами ходили нищие, что вызывало недовольство, а иногда и возмущение у церковных властей. Одно время епархиальное ведомство даже воспретило выдавать ему на руки жалование, так как он, получив его, все до копейки раздавал нищим. Но святой мужественно переносил насмешки и глумления, не изменяя принятый им образ жизни. Когда ему говорили, что его почитают за юродивого, он спокойно отвечал: «Ну что же, пусть юродивый».

Раздавая все свои деньги до последней копейки, отец Иоанн обрекал на крайнюю нищету и себя самого, и свою семью. «Я священник, я принадлежу другим, а не себе», — часто говорил он своей жене, матушке Елизавете. И той приходилось терпеливо сносить свой крест. Говорили, что матушка одно время хотела даже развестись со своим мужем, подавала на него в суд, однако тот был непреклонен, и она смирилась. Мужа своего она называла не иначе как «братом Иваном» (или Иваном Ильичом) и всегда проявляла о нем самую горячую и самую искреннюю и трогательную заботу. Однажды, когда отец Иоанн был сильно болен воспалением легких и лежал в забытьи, матушка Елизавета сидела возле его кровати и горько плакала. «Не плачь, Лиза, — сказал ей вдруг отец Иоанн, очнувшись, — Бог даст, поправлюсь, а если нет — Бог и добрые люди не оставят тебя. Я никого не оставлял, и тебя не оставят».

Но собственных средств пастыря было, конечно, недостаточно для того, чтобы помочь всем нуждающимся. Поэтому отец Иоанн обращается за помощью к жителям Кронштадта, а затем и всей России, призывая их оказать помощь и материальную поддержку беднякам. В 1872 году в газете «Кронштадтский вестник» были опубликованы два его воззвания к жителям Кронштадта. «Кому неизвестны рои кронштадтских нищих — мещан, женщин и детей разного возраста, — с горечью и состраданием писал он. — Причин кронштадтской бедности и нищеты множество, вот главные: бедность от рождения, бедность от сиротства, от разных бедственных случаев, например, от пожара, от кражи, от неспособности к труду по старости, болезни и маловозрастности, бедность от потери места, лености, от пристрастия к хмельным напиткам и в наибольшей части случаев от недостатка средств, с которыми бы можно было взяться за труд: порядочной одежды, обуви, инструмента или орудия». Проповедник описывает ужасающие картины нищеты, которую не хочет замечать так называемая «чистая публика»: «А угодно ли кронштадтской публике видеть непривлекательную картину бедности наших нищих? Не гнушайтесь, это члены наши, ведь это братия наши. Вот эта картина: представьте себе сырые, далеко ушедшие в землю подвалы домов, в которых по преимуществу помещаются наши нищие; тут помещается по 30, 40 и 50 человек в жилье, тут старые и взрослые, и малые дети, тут и младенцы, сосущие сосцы, в сырости, в грязи, в духоте, в наготе, а часто и в голоде».