Надо сказать и о том, как отец Иоанн совершал Божественную литургию — вдохновенно, со слезами на глазах. Горячая, искренняя молитва как бы лилась из самой глубины его души; он будто бы разговаривал с Богом, вспоминал позднее один из участников литургии: «Голос чистый, звучный, произношение членораздельное, отчетливое, отрывистое. Одно слово скороговоркой, другое протяжно. Во время чтения как бы волнуется — то наклоняется он головой к самой книге, то, наконец, во время пения ирмоса преклоняет колена, закроет лицо руками. Кончив чтение канона, быстро входил в алтарь и падал в глубокой молитве пред престолом, начал петь стихиры быстро, скорее выбежал, чем вышел он из алтаря на клирос, присоединился к певчим и начал петь вместе с ними». А вот еще одно свидетельство: «Меня поразила тогда необычайная огненная вдохновенность отца Иоанна, — вспоминал протоиерей Сергей Четвериков, бывший еще студентом на службе святого. — Он служил, весь охваченный внутренним огнем. Такого пламенного служения я не видел ни раньше, ни после. Он был действительно как Серафим, предстоящий Богу».

Надо ли удивляться тому, что очень скоро люди потянулись к нему: сначала десятки, потом сотни, тысячи. В пору его славы в Кронштадтском Андреевском соборе собиралось на службу до 5–6 тысяч молящихся. Ежедневно Кронштадт посещало более 20 тысяч паломников, позднее их число достигало 80 тысяч человек. Порою в Великий пост у отца Иоанна причащалось до 3 тысяч человек сразу. На престоле стояло 12 и более святых чаш. Святой не имел физической возможности уделить каждому достаточно времени и поэтому в последние годы своего служения часто прибегал к общей исповеди. Вот впечатление отца Георгия Шавельского, протопресвитера армии и флота: «Трудно сказать какая — частная или общая исповедь оказывалась у него более действенной. Нам пришлось быть свидетелями общей исповеди. Огромный Андреевский собор в Кронштадте переполнен многотысячной толпой. В ночном полумраке еле мерцают свечи. Отец Иоанн читает молитву перед исповедью, нервно, проникновенно: каждое слово пронизывает душу. Потом говорит проповедь о нашей греховности: „Бог нам все дал, Он о нас беспрестанно печется. А мы Его дары употребляем во зло, грязним Его образ, надругаемся над Его любовью и долготерпением. Кайтесь, грешники!“ — нервно взывает отец Иоанн. Слышатся всхлипывания, которые скоро переходят в настоящий вой кающейся толпы, все усиливающийся по мере того, как отец Иоанн требует отчета в новых и новых грехах. Картина, переворачивающая душу, равной которой нам никогда больше не приходилось видеть».