Помимо Иоанновского монастыря, заботами и на средства святого в Санкт-Петербурге было построено подворье Леушенского женского монастыря с храмом во имя святого апостола Иоанна Богослова. Леушенский монастырь (в Череповецком уезде) был одной из любимых обителей отца Иоанна; он всегда посещал его, когда ездил из Петербурга на родину. С настоятельницей монастыря, игуменией Таисией, святого связывали тесные духовные отношения.

Также отец Иоанн основал и устроил Воронцовско-Благовещенский женский монастырь в Псковской епархии, Вауловский скит в Ярославской губернии около города Рыбинска, Пюхтицкую женскую обитель (в нынешней Эстонии). Но это лишь обители, непосредственно основанные святым. Множество церквей в России многим обязаны его щедрой благотворительности: отец Иоанн либо делал вклад на их постройку или обновление, либо дарил им церковное облачение, церковную утварь, другие необходимые для богослужения предметы. «Нет почти в России благотворительного общества или учреждения, которые не пользовались бы помощью отца Иоанна, — писал епископ Михей (Алексеев). — Десятки тысяч рублей им пожертвованы в фонд на устройство церковно-приходских школ Архангельской епархии и в фонд постройки сибирских церквей». Отец Иоанн никогда не забывал о своей малой родине — Суре. Он ежегодно ездил летом к своим родным и много сделал для обустройства родного села. Его усилиями здесь была построена новая церковь, начали работать потребительская лавка, механический завод, а в 1899 году он основал в Суре женскую общину, которая на следующий год, по указу Синода, была превращена в монастырь. При монастыре стала работать школа. Отец Иоанн раздавал и значительные денежные пособия крестьянам Сурской волости на посевы, при выдаче дочерей замуж, на постройку домов после пожаров и другие нужды.

Благотворительность — лишь одна, и, может быть, даже не главная сторона деятельности Иоанна Кронштадтского. Еще при жизни он был наделен даром чудотворения и врачевания от самых различных недугов.

В беседе со священниками города Сарапул (в Удмуртии) отец Иоанн так рассказывал об этом: «В Кронштадте жила благочестивая, прекрасной души, женщина, по имени Параскева Ивановна Ковригина (родом костромичка), отдавшая себя на служение ближним. Она стала убедительно просить меня помолиться за того или иного страждущего, уверяя меня, что молитва моя за них будет действенна и для них полезна. Я же все время отказывался, совершенно не считая себя достойным быть особенным посредником между людьми, нуждающимися в помощи Божией, и Богом. Но неотступные просьбы и уверения Параскевы Ивановны в помощи Божией, наконец, победили меня, и я с твердым упованием и надеждой стал обращаться с мольбой к Богу об исцелении болящих и расслабленных душой и телом. Господь слышал мои, хотя и недостойные, молитвы и исполнял их: больные и расслабленные исцелялись. Это меня ободрило и укрепило. Я все чаще и чаще стал обращаться к Богу по просьбе тех или других лиц, и Господь за молитвы наши общие творил и творит доселе многие дивные дела. Много чудес очевидных совершилось и ныне совершается. В этом я вижу указание Божие мне, особое послушание от Бога — молиться за всех, просящих себе от Бога милости».