Этот дивный дар еще больше прославил святого и сделал его имя известным буквально по всей России и далеко за ее пределами. Множество людей избавлялись от своих болезней молитвой святого или возложением его рук, причем даже в тех случаях, когда медицина оказывалась бессильной. Свидетелями этих исцелений стали многие люди, в том числе и представители просвещенного общества, интеллигенции. Так, например, знаменитый художник Н. К. Рерих всю жизнь добрым словом вспоминал кронштадтского чудотворца, излечившего его в детстве. Другой знаменитый современник, юрист А. Ф. Кони, вспоминал, как отец Иоанн излечил от сильного заикания 17-летнюю девушку, которой не могли помочь европейские светила, в том числе один из основателей невропатологии Ж. Шарко. Замечательный случай произошел в 1901 году в селе Кончанском (Суворовском). Он был описан находившейся там комиссией профессоров военной академии. Женщина, много лет страдавшая беснованием, была приведена к отцу Иоанну в бесчувственном состоянии и через несколько мгновений получила совершенное исцеление. Почитателем чудесного дара кронштадтского чудотворца был сам С. П. Боткин — крупнейший клиницист и диагност своего времени. 20 декабря в газете «Новое время» появилось «Благодарственное заявление», подписанное десятками исцеленных отцом Иоанном Ильичем Сергиевым людей. Исцеление молитвами отца Иоанна получали не только православные, но и мусульмане, иудеи, а также обращавшиеся к нему из-за границы иностранцы. Сам отец Иоанн никогда не добивался какой-либо славы, не искал известности. (Так, например, та же Параскева Ивановна Ковригина, рассказывавшая повсюду о чудесах и исцелениях, совершенных им, получала от отца Иоанна строгие выговоры за огласку, а в течение некоторого времени он даже вовсе не хотел иметь с нею общения.) Но, разумеется, кронштадтский чудотворец ничего не мог поделать с растущей всенародной славой и всеобщим поклонением.

Сам отец Иоанн говорил о себе, что не является каким-то особенным постником или подвижником: дар чудотворения он воспринимал как особую благодать Божию, особое послушание от Бога. «Так как при настоящей моей жизни, — говорил он в упомянутой выше беседе с сарапульскими священниками, — мне постоянно приходится быть в мире, посещая дома людей всякого звания и состояния, где предлагается угощение, которое мне часто приходится принимать, чтобы отказом не огорчать предлагающих с любовию, то, естественно, мне не представляется возможности держать строгий пост. Вообще в своей жизни я не брал на себя никаких особенных подвигов. Не потому, конечно, что я не считаю их нужными, а потому, что условия моей жизни не позволяют мне этого, и я никогда не показывал себя ни постником, ни подвижником и т. д., хотя ем и пью я умеренно и живу воздержно».