Бальяжу пришлось подчиниться и 11 июня 1382 года заключить с Великим Приорством Германским Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Геймбахский договор, воспрещавший дальнейшую продажу Орденских владений. Со своей стороны, бальяж по этому договору вновь подчинялся Великому Приорству Германскому и вновь признавал за последним право визитации (посещения комтурий бальяжа с проверкой отчетности), а также право Великого Приора Германского утверждать в должности орденских чиновников в пределах Бранденбургского бальяжа. Тем не менее, бальяж сохранил довольно широкую самостоятельность. Великое Приорство было вынуждено признать автономию Герренмейстеров в пределах Бранденбурга. Со временем Бранденбургский бальяж возобновил самостоятельные выборы комтуров, нимало не заботясь об их утверждении в должности Великим Приорством Германским, и уж тем более Великим Магистром иоаннитов на Родосе!

Однако у бранденбургских иоаннитов было немало иных причин для обеспокоенности, вызванных отсутствием у них поддержки более сильного партнера и покровителя. В конце XIV века Бранденбургскую марку охватили внутренние смуты и междоусобные конфликты. Так, граждане города Бана в ходе «файды» с бранденбургскими иоаннитами в 1399 году пленили в бою Герренмейстера иоаннитов Детлева фон Вальмеде и торжественно обезглавили его при большом стечении народа. Иоаннитский коммендатор фон Pop был сброшен восставшими горожанами с церковной колокольни. Поэтому иоанниты могли только приветствовать прибытие в Марку нового маркграфа Бранденбургского — нюрнбергского бургграфа Фридриха фон Цоллерна (Гогенцоллерна) в 1411 года, железной рукой восстановившего в своих владениях закон и порядок, в чем ему усердно помогали бранденбургские иоанниты, оказавшиеся в полной зависимости

от Гогенцоллернов, как своих новых светских сюзеренов. Но и маркграф, со своей стороны, пошел навстречу иоаннитам, уступив им по сходной цене замок и город Зонненбург.

С тех пор в Орденской церкви Зонненбурга на протяжении столетий проводилась церемония инвеституры (посвящение в рыцари-иоанниты). Никто в Бранденбурге не мог стать иоаннитским «рыцарем (по) справедливости», не пройдя в этой орденской церкви посвящение «тремя ударами меча». После утраты Зонненбурга, в результате поражения Германии во Второй мировой войне отошедшего к Польше, эта орденская традиция была возобновлена в западногерманской церкви комменды иоаннитов Нидервейзель, где 29 июня 1963 года произошла первая послевоенная инвеститура (посвящение в рыцари Ордена).

С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное Герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652–1679 гг.), фасад которого украшен надписью «Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна» (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты.