Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) Герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя «ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна». На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.

В правление курфюрста Бранденбургского Иоганна Сигизмунда его сын Иоганн Георг, избранный в 1616 году Герренмейстером иоаннитов, получил от императора Рудольфа II Габсбурга в лен герцогство Егерн-дорфское в Силезии, отошедшее, после пресечения бранденбургско-франконской линии, к Курмарку. Герренмейстер, перешедший в Силезии в протестантизм в его уже не лютеранской, а реформатской разновидности, принял участие в положившем начало Тридцатилетней войне богемском восстании против Габсбургов и в неудачной для протестантов Белогорской битве под Прагой в 1620 году. После того, как католическая армия полководца «Священной Римской империи германской нации» графа Иоганна Тсеркласа фон Тилли нанесла сокрушительное поражение протестантам, победоносные Габсбурги объявили мятежного Герренмейстера иоаннитов изменником и отняли у него герцогство Егернсдорф, а у возглавляемой им ветви Ордена Святого Иоанна — владения Одерберг и Бейтен. Герренмейстеру Иоганну Георгу грозило низложение, но смерть от последствий ранения спасла его от этого позора.

Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать Герренмейстером «своих собственных» иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга. Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности.

Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году Герренмейстер Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако «Великий Курфюрст» Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности Герренмейстера.