Зависимость иоаннитов от их светского сюзерена наглядно проявилась и в отношении Бранденбургского бальяжа к охватившей всю Германию антикатолической Реформации. Когда маркграф Иоганн в 1538 году перешел из католической веры в лютеранскую, его примеру последовал целый ряд иоаннитских комменд (первоначально — в Мекленбурге). Два комтура иоаннитов в 1544 году даже публично продемонстрировали свой переход в протестантизм, нарушив один из основных обетов Ордена Святого Иоанна — обет целомудрия — и вступив в законный брак по лютеранскому обряду. Это дотоле неслыханное среди германских рыцарей-странноприимцев открытое нарушение Орденского Устава вызвало настоящую «цепную реакцию». Невзирая на протесты Великого Приора Германского, почти все иоанниты Бранденбургской марки перешли в лютеранство, что, по сути дела, означало открытый разрыв с папским престолом, Великим Магистром на Мальте и Великим Приорством Германии, и окончательно поставило бранденбургских рыцарей Святого Иоанна в полную зависимость от светского сюзерена.

Тем не менее, никаких репрессивных или дисциплинарных мер со стороны Ватикана, Великого Магистра и Великого Приорства в отношении строптивых бранденбургских иоаннитов так и не последовало. В описываемый период времени всеми орденскими делами бальяжа от имени Герренмейстера занимался сам маркграф Бранденбургский. Полномочия же Герренмейстера ограничивались чисто административными вопросами. Сохранилось описание положения Бранденбургского бальяжа в 1550 года, обсуждавшегося на заседании капитула. В коммендах бранденбургских иоаннитов насчитывалось всего лишь по два-три орденских брата, занимавшихся исключительно хозяйственными (главным образом сельскохозяйственными) вопросами.

Визитация (посещение представителями вышестоящих орденских структур с контрольно-ревизионными целями) этих «орденских домов» происходила не чаще, чем раз в два-три года. Ежегодно 24 июня (в «Иванов день», то есть день Святого Иоанна, общеорденский праздник всех госпитальеров) комменды Бранденбургского бальяжа иоаннитов сдавали деньги в Зонненбургскую управу. Стремясь максимально привязать к себе Орден, маркграф Иоганн (Ганс) назначил своего канцлера, беззаветно преданного ему юриста Франца Наумана, коммендатором иоаннитов в новой комменде Шивельбейн, а в 1564 году добился избрания Наумана Герренмейстером (с этой целью предварительно даровав ему дворянство).

Однако новый Герренмейстер, совершенно неожиданно для своего патрона, самолично посвятившего его в рыцари, стал слишком рьяно защищать интересы бранденбургских иоаннитов, чем вызвал гнев маркграфа и даже был вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г., пришлось продать герцогу Барниму Померанскому.