Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бальяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и «орденские дома» оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских «над Орденом иоаннитов» (причем именно в такой общей формулировке, без каких-либо региональных ограничений, хотя в подписании мира участвовали католический римско-германский император из династии Габсбургов, папский Святейший престол и сам «головной» католический Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты!). Курфюрст отклонил предложенный ему титул Герренмейстера, пост которого на протяжении одиннадцати лет оставался вакантным.

Наконец, в 1652 году курфюрст назначил Герренмейстером князя Иоганна Морица фон Нассау-Зигена, опытного военачальника, оказавшегося не менее опытным хозяйственником, превратившим Орденские командорства Бранденбурга в образцовые хозяйства.

В последние годы правления курфюрста должность Герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти Герренмейстерами избирались поочередно сыновья «Великого Курфюрста» от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор Герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих III, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения Герренмейстеров в должность.

Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге Орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал Герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами «МС» («Markgraf Carl») между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский № 19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовнорыцарского братства в династический Орден прусской короны.