Когда же, по окончании войны, о. Варсонофий вернулся обратно в Оптину Пустынь, о. Иосиф уже настолько состарился и ослабел, что управлять внешними делами Скита был уже не в состоянии. К тому же некоторые люди делали злоупотребления, пользуясь его добротой и мягкостью, и на Скиту оказались долги. От Синода была прислана ревизия. Он подал на покой, зная, что того желают епархиальные власти. А на его место скитоначальником был назначен о. Варсонофий, возведенный в сан игумена.

Но какой мудростью должны были бы обладать духовные чада о. Иосифа, чтобы взглянуть на эту перемену беспристрастным оком? Ведь о. Иосиф был столпом старчества, непосредственным преемником и учеником о. Амвросия, продолжателем традиций великих старцев. А о. Варсонофий, поступивший уже после кончины о. Амвросия, казался им человеком пришлым, чужим. Почувствовали себя обиженными за своего Старца и шамординские сестры, хотя о. Иосиф продолжал старчествовать и руководить ими. В Оптиной снова стало два старца... Понятно, что при создавшемся положении у о. Варсонофия со многими из старшей братии были лишь официальные отношения, как было с о. Илиодором, которому он дал «на дорогу» горсть леденцов в день его смерти.

Между тем новый скитоначальник твердой и властной рукой восстановил порядок в Скиту; он внес в его казну 60 тысяч рублей личного своего капитала, уплатил долги, ремонтировал Скит, обновил ризницу, устроил библиотеку Твердым своим прямолинейным характером, не допускавшим ни малейшей уступки духу времени, он со строгостью умел соединить и нежно-любовное отношение к скитской братии, был полон о них забот. Он не стеснялся смирять, когда это требовалось. Но к кающимся о. Варсонофий был милостив и говорил, что тех, кто не хочет спасаться по доброй воле, тех надо спасать силой, и силу эту применять умел. И многие из числа братии, не говоря о тех, которые поступили уже во время его управления, были всецело под его влиянием, испытав на себе всю пользу от его мудрого, благодатного руководства. В Шамордине, куда поступали его духовные дочки, им приходилось смиряться перед иосифовскими «дочками», которые имели над ними старшинство.

Особенно много занимался о. Варсонофий с интеллигентной молодежью, посещавшей Оптину Пустынь, и был единственным старцем оптинского скитского братства. До сих пор дело ограничивалось только натянутыми отношениями между варсонофиевскими и иосифовскими учениками и ученицами. У коренных оптинцев все же царил в конце концов дух смирения, да и влияние оптинских духовников отцов Анатолия (Потапова), Феодосия и Нектария, употреблявших все силы для поддержания мира, делало свое дело. Например, когда о. Варсонофий опасно заболел и послал к о. Иосифу просить благословения на принятие схимы, в этот момент в келлии о. Иосифа оказался его духовник о. Нектарий, который и настоял на том, чтобы это благословение было дано.