Первая мировая война, а затем революция не могли не отразиться на дальнейшей жизни молодого доцента. В 1918 г. он, преследуемый революционной властью, должен был выехать из Казани, был арестован в Перми и избит до потери сознания и отправлен затем для революционного суда в Тюмень.
Еп. Иона Ханькоуский
Из Перми ему вместе с другими арестованными пришлось ехать по старинному сибирскому тракту, называемому Бироновским, перевалить Урал и в Тобольской губернии по реке Тавде ехать на пароходе, где он, при впадении этой реки в Тобол, был освобожден белыми войсками. Дальше начинается для него скитальческая жизнь, полная всевозможных лишений и трудностей, сопряженных с опасностью для жизни. Из Тобольска по Иртышу удалось ему добраться до Омска, где Высшим церковным управлением он был возведен в сан игумена и назначен главным священником Южной армии.
После поражения противобольшевистского движения в Сибири ему вместе
Западного Китая. Позже в своей речи при наречении во епископа он, тогда архимандрит Иона, вспоминал о тех необычайных трудностях, которые ему вместе с другими приходилось переносить при перевале отрогов Памира, взбираться, при холодном бурном ветре, по обледенелым скалам, на высоту в 11-12 тысяч футов, хватаясь руками, с ободранной кожей и ногтями, за выступы скал и колючий редкий кустарник. «Господь сохранил меня, — говорил он, — видимо, для того, чтобы послужить Ему и в высоком звании епископа».
Из Западного Китая игумен Иона приехал в Шанхай, затем в Пекин, где и был принят на службу в Российской духовной миссии и вскоре возведен в сан архимандрита, а в 1922 г., 11 сентября, возведен в Пекине в сан епископа Тяньзинского. В хиротонии епископа Ионы принимал участие архиепископ Иннокентий, начальник Миссии, епископ Мелетий Забайкальский и вновь хиротонисанный в Харбине 4 сентября того же 1922 г. епископ Шанхайский Симон.
С принятием сана епископа и назначением настоятелем св. Иннокентиевской миссионерской церкви в Маньчжурии для епископа Ионы открывается новое обширное поле деятельности, где он проявил свои высокие пастырско-административные способности. Ревностный служитель Церкви и выдающийся проповедник, епископ Иона прежде всего почитается за устройство своей паствы в религиозно-нравственном отношении. Кроме того, он взял на себя преподавание Закона Божия в местной гимназии.
В Маньчжурию стекались со всех сторон беженцы из Европейской России, многие из которых испытывали бедственное положение и нужду... Это заставило епископа Иону приступить к развитию обширной благотворительной деятельности. Он основывает начальное училище, где учится до 200 детей. Там помимо наук преподают детям всевозможные ремесла.