Епископ Иона выступил с публичными лекциями и основал богословско-философские курсы в Харбине. Там он устроил литературный вечер в пользу своих учреждений.
Особенно заботился он об основанном им детском приюте.
Его трудам принадлежит ремонт св. Иннокентиевского храма и устройство придела во имя св. Николая.
Незадолго до смерти он ухаживал за умирающим священником о. Михеем и, когда хоронил его, надорвал свои силы, не оправившись сам от болезни паратифа. Это явилось причиной летального исхода. Описание праведной кончины великого оптинского питомца, духоносного архиерея Божия, было сделано доктором В. Ляпустиным438, лечившим владыку Иону.
«Теперь я приступлю к описанию последних часов жизни покойного и его святой кончины. Начну с 10 часов вечера. Пульс в это время доходит до 160 с перебоями, температура 39,8°. Владыка сидит в кресле, разговаривает с окружающими, причем мысль о смерти не приходит ему в голову. Все время говорит, что ему лучше, что температура ниже; единственно, что удивляет его, — это народ в коридоре и слезы на глазах окружающих. Так длится время до 11 часов, когда я предлагаю ему, воспользовавшись присутствием архиепископа, исповедаться и приобщиться. Владыка испытующе смотрит на меня; поняв по моему лицу близкий исход, говорит:
— Раз вы, врач, предлагаете это мне, — часы мои сочтены.
Торопит с исповедью, совершаемой его духовником о. Алексием. Окончив исповедоваться, облачается в новый подрясник, епитрахиль и сам приобщается, кланяясь земно Дарам; сам укладывает лжицу и сосуд, завертывает пелену, молится, кланяясь земно.
А затем совершается нечто небывалое... Разоблачившись, идет в кабинет, садится в кресло и печатает завещание:
Во имя Отца, и Сына, и Святаго Духа.
Слишком неожиданно узнал я о предстоящей смерти моей. Мысли путаются... Что скажу? Что завещаю вам?.. мои милые и дорогие дети Маньчжурии и Ханькоу...
Начал я у вас со словами апостола Любви: Дети,
С душевной радостью прощаю тому, кто обидел меня. Да и есть ли такие? И слезно на коленях прошу и становлюсь перед каждым, кого я обидел.
Не оставляйте детишек. Слышите ли мой предсмертный зов, дорогая Елисавета Николаевна? Ведь на вас теперь вся надежда.
Заместителем моим рекомендую вызвать из Чаньчуня протоиерея Извольского, на него указывал и начальник Миссии.
Простите меня ради Христа; да не забывайте в своих святых молитвах... Напишите в помянничек... И так на вечные времена, пока не предстанем все у Страшного Судии.